Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)

最新推荐文章于 2024-10-13 11:46:17 发布

易易欢欢

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分类专栏： R语言文章标签：基因ID转换 gene id translate 基因名称转换基因转换函数

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article/details/89354167

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本文介绍五种在R中进行基因ID类型转换的方法，包括使用clusterProfiler、AnnotationDbi等包进行ENTREZID到ENSEMBL、SYMBOL等类型的转换，适用于生物信息学研究。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

对于这四种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看

先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来
查找对应的注释包请看：https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article/details/103186027

library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。

基因集准备

data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
head(gene)

结果是

'4312' '8318' '10874' '55143' '55388' '991'

第一种方法

安装clusterProfiler包，bitr转换ID函数属于这个包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("clusterProfiler")

library("clusterProfiler")
gene.df <- bitr(gene, fromType = "ENTREZID", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的
                toType = c("ENSEMBL", "SYMBOL"), #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种
                OrgDb = org.Hs.eg.db)#Orgdb是指对应的注释包是哪个
head(gene.df)

在这里插入图片描述

第二种方法

library(AnnotationDbi)
mySymbols <- mget(gene,
                  org.Hs.egSYMBOL, #这个是可以选择的，选择不同，转换的ID类型也不一样
                  ifnotfound=NA)
转换成Symbol ID
head(mySymbols)
class(mySymbols)

在这里插入图片描述

第三种方法

geneIDselect <-select(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
                      keys=gene,
                      columns=c("SYMBOL","ENSEMBL","GENENAME"), #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，这里选择三个。
                      keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

在这里插入图片描述

第四种方法

gene <-mapIds(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
                      keys=gene,
                      column="SYMBOL", #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，只能选择一个。
                      keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

在这里插入图片描述