相关性分析的完美补充！！！！

最新推荐文章于 2024-01-06 22:55:02 发布
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分类专栏： R语言
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沙漠生信客栈
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专栏目录
皮尔逊相关系数php,生信分析网站（相关性分析）
weixin_39599097的博客
03-24 1393
生信论文的套路ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)；STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二)；TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。在差异分析的前提下，表型分析成为重点内容...
从4条脉络看Deep Learning 模型最近若干年的重要进展
tealex的专栏
04-04 402
一个学生帮忙整理的 Deep Learning 模型最近若干年的重要进展。有 4 条脉络，整理很不错。分享一下。 高清图下载点击 track1 cv/tensor： 1943 年出现雏形，1958 年研究认知的心理学家 Frank 发明了感知机，当时掀起一股热潮。后来 Marvin Minsky（人工智能大师）和 Seymour Papert 发现感知机的缺陷：不能处理异或回路、计算能力...
生信相关网站
qq_43176678的博客
08-23 403
http://www.xiaolvji.com/u/bioinfoclub?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg 网页来自https://www.jianshu.com/p/7a8da453c9e6
《Deep Learning》学习1——基于特征分解的主成分分析
老笨妞
08-10 677
这篇文章是基于《Deep Learning》第二章以及UFLDL Tutorial之主成分分析做的总结和python算法实现。 《Deep Learning》第二章主要讲的是矩阵的一些重要性质，由于《Deep Learning》完全讲理论，且很严肃正统，所以，顺带结合UFLDL和斯坦福cs229对应课程一起学习，同时跑UFLDL提供的练习。   一．纯理论 1.      线性相关 当我
TASSEL 关联分析软件最新版本
05-16
做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的
利用MATLAB进行相关性分析数学建模
01-10
相关性分析是一种用于研究两个或多个变量之间关系的统计方法。该分析旨在衡量变量之间的关联程度，以便了解它们是如何一起变化的。最常见的相关性分析方法之一是计算相关系数，其中最常见的是皮尔逊相关系数。 1. **...
利用MATLAB实现典型相关性分析数学建模算法
01-10
典型相关性分析（Canonical Correlation Analysis，CCA）是一种用于研究两组变量之间关系的多元统计方法。它的目标是找到两组变量之间的最大相关性。具体而言，CCA寻找两个线性组合（典型变量），使得这两个组合之间...
如何进行相关性分析.ppt
最新发布
01-20
相关性分析 相关性分析是统计学中一种常用的数据分析方法，用于研究两个或多个变量之间的关系。相关性分析可以帮助我们了解变量之间的相互关系、方向和程度，进而对变量之间的关系进行预测和分析。 在相关性分析中...
算法源码-相关性分析：典型相关性分析代码MCCA.rar
06-06
**典型相关性分析（Canonical Correlation Analysis，简称CCA）**是一种统计分析方法，用于寻找两个随机向量集合之间的最大相关性。在机器学习、数据挖掘和信号处理等领域中，它常用于探究不同变量间的结构关系，...
0306_mic_python_MIC相关性_最大信息系数_Mine!_MIC_
10-02
这个库基于Michael Einhorn的原始C++实现，并将其封装为Python接口，使得在Python环境中可以方便地进行相关性分析。 最大信息系数（MIC）是由Michael L. Resnik提出的，它是一种评估两个变量间复杂关系的无参数统计...
转录组测序（RNA-seq）的数据如何分析？
weixin_55372631的博客
04-03 1万+
经过富集分析后，我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因，通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个，至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法，一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因（2-3个），另一种方法需要有相应的表型数据，与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析，找出与表型高度相关的基因。
（生物信息学）R语言与统计学入门（六）—— Pearson和Spearman相关性分析
weixin_46500027的博客
04-08 8274
相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性的元素之间需要存在一定的联系或者概率才可以进行相关性分析。相关性不等于因果性，也不是简单的个性化，相关性所涵盖的范围和领域几乎覆盖了我们所见到的方方面面，相关性在不同的学科里面的定义也有很大的差异。 相关性分析主要包括pearson和spearman相关分析。 比如比较两个基因之间的相关性，从而确定他们之间是否具有共表达关系。 之前分享的关于GEPIA网站的两个基因相似性分析就是相关性分析： 分享分
python 相关性检验怎么计算p值_生信工具 | 相关性热图还能玩出什么花样？
weixin_39710295的博客
11-19 1734
关于相关性，表示数据之间的相互依赖关系。但需要注意，数据具有相关性不一定意味着具有因果关系。相关性在组学数据挖掘中应用非常广，如样本的重复检验、基因的共表达分析、微生物群落的共发生网络分析等。相关性分析其实较为简单，用R语言自带的cor()函数非常容易计算得到两两变量间的相关系数。下面我们就来看下如何用R语言实现相关性计算并绘制带有显著性星标的相关性热图。1.相关系数计算以R自带的数据集mtcar...
6 python数据分析基础——批量进行数据分析（二）
简时刻的博客
06-01 804
一、使用相关系数判断数据的相关性 二、使用方差分析对比数据的差异 三、使用描述统计和直方图制定目标 四、
利用R批量计算相关系数
weixin_52073820的博客
06-04 1111
批量求相关系数
生信分析—差异分析,聚类分析，相关性分析
anyinglengtong的博客
11-18 4175
生信中提到的二代数据通常指的是第二代测序数据，即在基因组学研究中使用的第二代高通量测序技术生成的数据。第二代测序技术包括Illumina/Solexa、454/Roche、Ion Torrent等平台，它们通常以高通量、低成本、高准确性和较短的读长为特点。这些技术的出现使得大规模基因组测序成为可能，对于遗传学、演化生物学、临床医学等领域的研究起到了重要的推动作用。表型：生物个体可观测的性状。基因型：是指某一生物个体全部基因组合的总称。它反映生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。
表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性 ecm matrisome与gpx3
生信小博士的博客
10-29 5347
1.已经确定研究的基因，但是想探索他潜在的功能，可以通过跟这个基因表达最相关的基因来反推他的功能，这种方法在英语中称为。2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA。这时候，我们能推断PDCD1这个基因主要参与T细胞激活，细胞因子受体活性调剂等功能，大致跟她本身的功能是一致的。既然确定了相关性是正确的，那么我们用我们筛选的基因进行富集分析就可以反推这个基因的功能。这里因为是计算的所有GO分析的三个分类，所以可以合并作图。
【Python】批量回归分析得到相关系数
ronvicki的博客
01-06 467
我有一个excel，第二列为Y，第三列到最后一列，为x1、x2、……xn，现在要分析第三列到最后一列逐列数据与第二列Y数据的相关性，生成一个新excel，得到R2、p值、截距、斜率（对标excel中的回归分析）。
生信分析R语言助力作图----单基因批量相关性分析
热门推荐
leianuo123的博客
10-17 1万+
单基因批量相关性分析 嘻嘻嘻~~~，晚上秒变生信分析小白，一个游走在生物学和计算机变成之间的小白，享受着里面的快乐和痛苦。不停的挣扎，不停的成长，多学习，多尝试，一定会有意想不到的收获。加油!!! 首先，需要先说明的是本作图经验，完全模仿于果子学生信的一篇博文，所以先把链接丢在这里啦，自己写这篇博文，也完全是为了记录这个操作过程，好在下次需要的时候，更好的去回忆。话不多说，开始表演。 https:...
主成分分析碎石图_Plotting PCA (主成分分析详细完美补充！！！！)
06-09
好的，以下是主成分分析碎石图的绘制方法： 首先，我们需要导入必要的Python库，如numpy、pandas、matplotlib和sklearn等。然后，我们可以使用pandas库中的read_csv函数读取包含我们数据的csv文件： ```python import pandas as pd data = pd.read_csv('data.csv') ``` 接下来，我们需要对数据进行预处理。主成分分析需要标准化数据，因为不同的特征可能拥有不同的尺度范围。我们可以使用sklearn.preprocessing库中的StandardScaler函数来标准化数据： ```python from sklearn.preprocessing import StandardScaler # 标准化数据 scaler = StandardScaler() data_scaled = scaler.fit_transform(data) ``` 接下来，我们可以使用sklearn.decomposition库中的PCA函数来进行主成分分析。我们可以指定要保留的主成分数量。如果我们不指定主成分数量，则所有主成分都会被保留。 ```python from sklearn.decomposition import PCA # 主成分分析 pca = PCA(n_components=2) principalComponents = pca.fit_transform(data_scaled) principalDf = pd.DataFrame(data = principalComponents, columns = ['PC1', 'PC2']) ``` 现在，我们已经得到了主成分分析的结果，我们可以将其可视化。我们可以使用matplotlib库中的scatter函数来绘制散点图。 ```python import matplotlib.pyplot as plt # 绘制主成分分析散点图 plt.scatter(principalDf['PC1'], principalDf['PC2']) plt.title('PCA Plot') plt.xlabel('PC1') plt.ylabel('PC2') plt.show() ``` 这样，我们就得到了主成分分析的碎石图。我们可以根据散点图中的点的分布来判断数据中是否存在一些相关性或者聚类现象。 希望这个回答能够帮助到你，如果你还有其他问题，请随时问我。

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