安装 Bioconductor

1.R 中安装

>options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
>options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
>install.packages("BiocManager")
之后可以随意安装了R包了，依赖问题解决
#library('BiocManager')
library('BiocManager', quietly = TRUE)
BiocManager::install("***")   ##  ***为需要安装的包的名称

BiocManager::install(version="3.9") #更新自己

2.conda 安装环境

#创建
conda create -n Renv r-essentials r-base 
#conda  create  -n Renv  R r-biocmanager

#激活
conda activate Renv
#使用conda 安装BiocManager
conda install r-biocmanager

进入R 配置镜像

$R
#Bioconductor的国内源
>options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
#基础R包的国内源
>options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
#可以把上面两句加入到~/.Rprofile，这样R会在启动时自动配置
#载入BiocManager
>library('BiocManager')
#通过BiocManager的repositories()查看镜像是否配置成功
>repositories()

R 环境下 更新安装R包

>BiocManager::valid()
>update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)  

安装常用的包

BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("gcookbook")

BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

#配色包ggsci
BiocManager::install("ggsci")

#配色包ggtech   
BiocManager::install("devtools")
BiocManager::install("curl")
#windows 用户自己手动下载安装Rtools
#[https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/](https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)

devtools::install_github("ricardo-bion/ggtech", dependencies=TRUE)


#配色包RColorBrewe
BiocManager::install("RColorBrewer")

3.在基于cpu 的R多核notebook镜像中

source activate r3.6 #进入，安装R包

#安装BiocManager
$CONDA_DIR/envs/r3.6/bin/Rscript -e 'options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")' \-e 'options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))' \-e 'install.packages("BiocManager")'

#安装MAST
$CONDA_DIR/envs/r3.6/bin/Rscript -e 'options(repos="http://bioconductor.org/packages/MAST/")' \-e 'options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))' \-e 'library('BiocManager', quietly = TRUE)' \-e 'BiocManager::install("MAST")'