简单的merge fastq的小脚本

1.针对目录下的许多个fastq文件，现在需要每10个fastq合并成一个新的fastq文件。具体的shell脚本如下：

c=($(cat fastq.list))  #当前目录下fastq文件相对路径的列表
a=$1                   #fastq文件所在的文件路径
mkdir pass             #建立输出文件夹
b=`ls ${a}/*q |wc -l`  #读取fastq文件的个数
for((i=0;i<$b;i+=10))
do
	cat ${c[i]} ${c[i+1]} ${c[i+2]} ${c[i+3]} ${c[i+4]} ${c[i+5]} ${c[i+6]} ${c[i+7]} ${c[i+8]} ${c[i+9]} >$a/pass/${c[i]}      #每10个文件合并成一个
done

2.使用方法如下：

sh merge.sh /fastq文件的所在绝对路径