SeqFu

最新推荐文章于 2023-08-16 07:03:19 发布
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SeqFu是一个用于处理和解析FASTA/FASTQ文件的工具，支持压缩输入。它提供了交错/解交错FASTQ文件、重命名序列、计数序列、统计信息等功能。包括seqfu interleave、seqfu deinterleave、seqfu count等命令，适用于序列文件的操作和分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

SeqFu

SeqFu用于处理和解析来自FASTA / FASTQ文件的信息，支持压缩的输入文件。包括用于交错和解交错FASTQ文件，重命名序列以及计算和打印序列长度统计信息的功能。

SegFu相关使用方法来啦!!!

一、软件安装：

conda install -c conda-forge -c bioconda seqfu

二、软件使用：

1.seqfu interleave
两个双端文件生成一个交错的fastq文件

seqfu ilv -1 file_R1.fq > interleaved.fq #默认情况下读取_R1,会自动读取_R2

2.seqfu deinterleave
交错文件生成两个单独的fastq文件

 seqfu dei -o newfile interleaved.fq  #输出文件为newfile_R1.fq和newfile_R2.fq

3.seqfu count
用于对 FASTA/FASTQ 文件中的序列进行计数，并且识别单、双端序列。

seqfu count interleaved.fq  file1_R1.fq file1_R2.fq -t 4  #-t：多线程

注意：支持多文件输入，但双端序列需要成对。
输出结果：

file1_R1.fq  52921  Paired
interleaved.f
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