最通俗易懂的图神经网络(GCN)原理详解

gcn原文(Multi-layer Graph Convolutional Network (GCN) with first-order filters)

GCN问世已经有几年了(2016年就诞生了),但是这两年尤为火爆。本人愚钝,一直没能搞懂这个GCN为何物,最开始是看清华写的一篇三四十页的综述,读了几页就没读了;后来直接拜读GCN的开山之作,也是读到中间的数学部分就跪了;再后来在知乎上看大神们的讲解,直接被排山倒海般的公式——什么傅里叶变换、什么拉普拉斯算子等等,给搞蒙了,越读越觉得:“哇这些大佬好厉害,哎我怎么这么菜!”。

就这么反反复复,尝试一次放弃一次,终于慢慢有点理解了,慢慢从那些公式的里跳了出来,看到了全局,也就慢慢明白了GCN的原理。今天,我就记录一下我对GCN“阶段性”的理解。

GCN的概念首次提出于ICLR2017(成文于2016年):

一、GCN 是做什么的

在扎进GCN的汪洋大海前,我们先搞清楚这个玩意儿是做什么的,有什么用。

深度学习一直都是被几大经典模型给统治着,如CNN、RNN等等,它们无论再CV还是NLP领域都取得了优异的效果,那这个GCN是怎么跑出来的?是因为我们发现了很多CNN、RNN无法解决或者效果不好的问题——图结构的数据。

回忆一下,我们做图像识别,对象是图片,是一个二维的结构,于是人们发明了CNN这种神奇的模型来提取图片的特征。CNN的核心在于它的kernel,kernel是一个个小窗口,在图片上平移,通过卷积的方式来提取特征。这里的关键在于图片结构上的平移不变性:一个小窗口无论移动到图片的哪一个位置,其内部的结构都是一模一样的,因此CNN可以实现参数共享。这就是CNN的精髓所在。

再回忆一下RNN系列,它的对象是自然语言这样的序列信息,是一个一维的结构,RNN就是专门针对这些序列的结构而设计的,通过各种门的操作,使得序列前后的信息互相影响,从而很好地捕捉序列的特征。

上面讲的图片或者语言,都属于欧式空间的数据,因此才有维度的概念,欧式空间的数据的特点就是结构很规则。但是现实生活中,其实有很多很多不规则的数据结构,典型的就是图结构,或称拓扑结构,如社交网络、化学分子结构、知识图谱等等;即使是语言,实际上其内部也是复杂的树形结构,也是一种图结构;而像图片,在做目标识别的时候,我们关注的实际上只是二维图片上的部分关键点,这些点组成的也是一个图的结构。

图的结构一般来说是十分不规则的,可以认为是无限维的一种数据,所以它没有平移不变性。每一个节点的周围结构可能都是独一无二的,这种结构的数据,就让传统的CNN、RNN瞬间失效。所以很多学者从上个世纪就开始研究怎么处理这类数据了。这里涌现出了很多方法,例如GNN、DeepWalk、node2vec等等,GCN只是其中一种,这里只讲GCN,其他的后面有空再讨论。

GCN,图卷积神经网络,实际上跟CNN的作用一样,就是一个特征提取器,只不过它的对象是图数据。GCN精妙地设计了一种从图数据中提取特征的方法,从而让我们可以使用这些特征去对图数据进行节点分类(node classification)、图分类(graph classification)、边预测(link prediction),还可以顺便得到图的嵌入表示(graph embedding),可见用途广泛。因此现在人们脑洞大开,让GCN到各个领域中发光发热。

二、GCN 长啥样,吓人吗?

GCN的公式看起来还是有点吓人的,论文里的公式更是吓破了我的胆儿。但后来才发现,其实90%的内容根本不必理会,只是为了从数学上严谨地把事情给讲清楚,但是完全不影响我们的理解,尤其对于我这种“追求直觉,不求甚解”之人。

下面进入正题,我们直接看看GCN的核心部分是什么样子:

假设我们手头有一批图数据,其中有N个节点(node),每个节点都有自己的特征,我们设这些节点的特征组成一个N×D维的矩阵X,然后各个节点之间的关系也会形成一个N×N维的矩阵A,也称为邻接矩阵(adjacency matrix)。X和A便是我们模型的输入。

GCN也是一个神经网络层,它的层与层之间的传播方式是:

这个公式中:

  • A波浪=A+I,I是单位矩阵
  • D波浪是A波浪的度矩阵(degree matrix),公式为
  • H是每一层的特征,对于输入层的话,H就是X
  • σ是非线性激活函数

我们先不用考虑为什么要这样去设计一个公式。我们现在只用知道:

这个部分,是可以事先算好的,因为D波浪由A计算而来,而A是我们的输入之一。

所以对于不需要去了解数学原理、只想应用GCN来解决实际问题的人来说,你只用知道:哦,这个GCN设计了一个牛逼的公式,用这个公式就可以很好地提取图的特征。这就够了,毕竟不是什么事情都需要知道内部原理,这是根据需求决定的。

为了直观理解,我们用论文中的一幅图:

上图中的GCN输入一个图,通过若干层GCN每个node的特征从X变成了Z,但是,无论中间有多少层,node之间的连接关系,即A,都是共享的。

假设我们构造一个两层的GCN,激活函数分别采用ReLU和Softmax,则整体的正向传播的公式为:

最后,我们针对所有带标签的节点计算cross entropy损失函数:

就可以训练一个node classification的模型了。由于即使只有很少的node有标签也能训练,作者称他们的方法为半监督分类。

当然,你也可以用这个方法去做graph classification、link prediction,只是把损失函数给变化一下即可。

三、GCN 为什么是这个样子

我前后翻看了很多人的解读,但是读了一圈,最让我清楚明白为什么GCN的公式是这样子的居然是作者Kipf自己的博客:http://tkipf.github.io/graph-convolutional-networks/ 推荐大家一读。

作者给出了一个由简入繁的过程来解释:

我们的每一层GCN的输入都是邻接矩阵A和node的特征H,那么我们直接做一个内积,再乘一个参数矩阵W,然后激活一下,就相当于一个简单的神经网络层嘛,是不是也可以呢?

实验证明,即使就这么简单的神经网络层,就已经很强大了。这个简单模型应该大家都能理解吧,这就是正常的神经网络操作。

但是这个简单模型有几个局限性:

  • 只使用A的话,由于A的对角线上都是0,所以在和特征矩阵H相乘的时候,只会计算一个node的所有邻居的特征的加权和,该node自己的特征却被忽略了。因此,我们可以做一个小小的改动,给A加上一个单位矩阵 I ,这样就让对角线元素变成1了。
  • A是没有经过归一化的矩阵,这样与特征矩阵相乘会改变特征原本的分布,产生一些不可预测的问题。所以我们对A做一个标准化处理。首先让A的每一行加起来为1,我们可以乘以一个D的逆,D就是度矩阵。我们可以进一步把D的拆开与A相乘,得到一个对称且归一化的矩阵 :。

通过对上面两个局限的改进,我们便得到了最终的层特征传播公式:

其中

公式中的与对称归一化拉普拉斯矩阵十分类似,而在谱图卷积的核心就是使用对称归一化拉普拉斯矩阵,这也是GCN的卷积叫法的来历。原论文中给出了完整的从谱卷积到GCN的一步步推导,我是看不下去的,大家有兴趣可以自行阅读。

四、GCN 有多牛

在看了上面的公式以及训练方法之后,我并没有觉得GCN有多么特别,无非就是一个设计巧妙的公式嘛,也许我不用这么复杂的公式,多加一点训练数据或者把模型做深,也可能达到媲美的效果呢。

但是一直到我读到了论文的附录部分,我才顿时发现:GCN原来这么牛啊!

为啥呢?

因为即使不训练,完全使用随机初始化的参数W,GCN提取出来的特征就以及十分优秀了!这跟CNN不训练是完全不一样的,后者不训练是根本得不到什么有效特征的。

我们看论文原文:

然后作者做了一个实验,使用一个俱乐部会员的关系网络,使用随机初始化的GCN进行特征提取,得到各个node的embedding,然后可视化:

可以发现,在原数据中同类别的node,经过GCN的提取出的embedding,已经在空间上自动聚类了。

而这种聚类结果,可以和DeepWalk、node2vec这种经过复杂训练得到的node embedding的效果媲美了。

说的夸张一点,比赛还没开始,GCN就已经在终点了。看到这里我不禁猛拍大腿打呼:“NB!”

还没训练就已经效果这么好,那给少量的标注信息,GCN的效果就会更加出色。

作者接着给每一类的node,提供仅仅一个标注样本,然后去训练,得到的可视化效果如下:

这是整片论文让我印象最深刻的地方。

其他:

  1. 对于很多网络,我们可能没有节点的特征,这个时候可以使用GCN吗?答案是可以的,如论文中作者对那个俱乐部网络,采用的方法就是用单位矩阵 I 替换特征矩阵 X。
  2. 我没有任何的节点类别的标注,或者什么其他的标注信息,可以使用GCN吗?当然,就如前面讲的,不训练的GCN,也可以用来提取graph embedding,而且效果还不错。
  3. GCN网络的层数多少比较好?论文的作者做过GCN网络深度的对比研究,在他们的实验中发现,GCN层数不宜多,2-3层的效果就很好了
03-08
### Graph Convolutional Network (GCN) 概述 Graph Convolutional Networks (GCNs) 是一种专门用于处理图数据的深度学习模型。这类网络能够有效地捕捉节点之间的关系以及整个图结构中的复杂模式[^1]。 #### 图的重要性 传统机器学习方法通常假设输入样本之间相互独立同分布(i.i.d.),但在许多实际场景下,这种假设并不成立。例如社交网络、推荐系统等领域内的实体间存在复杂的关联性。为了更好地建模这些依赖关系并利用其中蕴含的信息,研究者们提出了基于图的方法来表达对象及其交互方式。通过引入邻接矩阵A描述连接情况,并结合特征向量X刻画顶点属性,使得我们可以构建更加贴近现实世界的表示形式[^2]。 ### 工作原理 GCN 的核心思想是在每一层聚合邻居节点的信息来进行更新操作: \[ H^{(l+1)}=\sigma\left(\tilde{D}^{-\frac{1}{2}} \tilde{A} \tilde{D}^{-\frac{1}{2}} H^{(l)} W^{(l)}\right)\] 这里 \(H^{(0)}=X\) 表示初始输入特征;\(W^{(l)}\) 代表第 l 层可训练权重参数;而 \(\tilde{A}=A+I_N\) 则是对原始邻接矩阵加上单位阵后的版本,用来考虑自环的影响;后 \(\tilde{D}\) 定义为度数矩阵【即对角线上元素等于各节点总边数】。激活函数 σ() 可选 ReLU 或其他非线性变换以增加表达能力。 值得注意的是,即便仅采用随机初始化而不经过任何迭代优化过程,由于融入了拓扑结构先验知识的缘故,所得到的结果依然具备一定解释力和区分度[^3]。 ### 应用领域 - **半监督分类**:当仅有部分标签可用时,GCN 能够借助未标记样本间的相似性和局部一致性原则实现高效预测。 - **链接预测**:对于缺失或潜在的关系挖掘任务而言,该技术同样表现出色,因为它可以直接作用于任意形状大小的无向/有向图之上。 - **社区发现与聚类分析**:凭借其强大的表征学习机制,有助于揭示隐藏在网络背后的群体划分规律。 ```python import torch from torch_geometric.nn import GCNConv class Net(torch.nn.Module): def __init__(self): super().__init__() self.conv1 = GCNConv(dataset.num_node_features, 16) self.conv2 = GCNConv(16, dataset.num_classes) def forward(self, data): x, edge_index = data.x, data.edge_index x = self.conv1(x, edge_index) x = F.relu(x) x = F.dropout(x, training=self.training) x = self.conv2(x, edge_index) return F.log_softmax(x, dim=1) ```
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