Fatal Error! Weird atomic valence (2) for atom (ID: 4, Name: C1). Possible open valence.

Fatal Error! Weird atomic valence (2) for atom (ID: 4, Name: C1). Possible open valence.

Gromacs生成配体拓扑文件，使用如下命名时报错，

antechamber -i Ligand_Rank1.mol2 -fi mol2 -o PNPC.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -rn PNP -at gaff2

首先使用gaussianView打开mol2文件，观察编号为4，名字为C1的碳元素键是否正确，如果少或者没有使用gaussian补齐。
重复上面的命令再次处理配体小分子
如果仍然报错，打开mol2文件，将表示芳香键的Ar改成ar，再次运行便可以解决。