solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]

已于 2024-01-23 17:44:31 修改
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于 2024-01-22 15:27:47 首次发布
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版权
文章讲述了在使用AMBERtleap中的solvateBox命令时遇到的类型错误，原因是tleap.in文件中溶剂盒子表示格式不正确。给出了正确的用法示例，包括添加TIP3P水分子、钠离子和氯离子，以及保存pdb和AMBER参数文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

AMBER tleap 报错

solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]

solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]
usage: solvateBox [iso] [closeness]

原因

tleap.in中溶剂盒子时候表示的格式有问题

解决办法

solvatebox mol TIP3PBOX 16.0
addions mol Na+ 0
addions mol Cl- 0
savepdb mol tau_solv.pdb
saveamberparm mol protein_solv.prmtop protein_solv.inpcrd

以上是给蛋白质复合物加入水，阴阳离子的标准写法，可对比参考脚本中的格式错误。

一无是处除了吃
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