rdkit 将SMILE转3D分子并保存起来 学习笔记一

Rdkit:将SMILE转3D分子

导入rdkit包

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw

读取SMILEs，转mol,加氢，优化并保存

smiles = 'YOUR SMILEs'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 加氢
mol = AllChem.AddHs(mol)
AllChem.EmbedMolecule(mol)
# 优化
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(mol)
# 可视化
Draw.MolToImage(mol, size=(250,250))
# 将处理好的SMILEs转为sdf/mol2保存起来
Chem.MolToMolFile(mol,'YOUR PATH/name.mol2')

使用上述代码将smiles和path自行修改为需要转换的SMILE和路径即可。