python按列合并两个等长txt文件

最新推荐文章于 2023-07-27 14:29:45 发布

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分类专栏： python学习文章标签： python pycharm

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42038527/article/details/121478618

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该博客主要介绍了如何使用Python脚本来合并pdb和topo文件，并在合并过程中进行文件路径操作。代码中定义了一个遍历指定目录下所有pdb_id的文件，将pdb文件和对应的topo文件内容按行合并，并保存为新的pdb文件。这个过程对于处理蛋白质结构数据或分子模拟研究可能非常有用。

摘要由CSDN通过智能技术生成

（1.txt）（2.txt）

'''
# !/usr/bin/python3
# -*- coding: utf-8 -*-
@Time : 2021/11/22 19:11
@Author : Qiufen.Chen
@FileName: distance.py
@Software: PyCharm
'''
import os

input_path = '/home/chenqiufen/ContactMap/ContactMap/data/topo_2/'
for (root, dirs, files) in os.walk(input_path):  # 列出windows目录下的所有文件和文件名
    file_num = 0
    for file_name in files:
        pdb_id = file_name.split('.')[0]

        topo_file = os.path.join(root) + '/' + file_name
        pdb_file = os.path.join('/home/chenqiufen/ContactMap/data/NR_chainAtom/', pdb_id + '.pdb')
        save_path = os.path.join('/home/chenqiufen/ContactMap/ContactMap/data/atom_topo/', pdb_id + '.pdb')

        file1 = open(pdb_file, "r", encoding="utf-8")
        file2 = open(topo_file, "r", encoding="utf-8")
        file3 = open(save_path, "w", encoding="utf-8")

        while True:
            mystr1 = file1.readline()  # 表示一次读取一行
            mystr2 = file2.readline()
            if not mystr1:
                # 读到数据最后跳出，结束循环。数据的最后也就是读不到数据了，mystr为空的时候
                break
                
            file3.write(mystr1[:-1])
            file3.write("\t")
            file3.write(mystr2)

        file1.close()
        file3.close()