分析 做cca_全网最细的图文详解——手把手教你不会代码一样做RDA/CCA分析！

在进行微生物多样性分析时，大家一定会想做微生物群落与环境因子之间的关联性分析，其中RDA分析便能帮助我们解析微生物群落与环境因子之间的相关性问题。

RDA分析即冗余分析，是环境因子约束化的PCA分析，可以将样本和环境因子反映在同一个二维排序图上，从图中可以直观地看出样本分布和环境因子间的关系。CCA分析是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，又称多元直接梯度分析。此分析主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。

RDA分析-

Canoco 5

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。

使用教程

01

准备物种数据与环境数据，至于物种数据在门水平或者其他水平读者自行选取，本文以属水平为例。

物种数据表格列为物种相对丰度或OTU数，行为样本名；环境数据表格列为我们关注的环境因子(如pH、EC等)，同样行为样本名。两个数据表保存为excel格式即可。

02

打开Canoco 5软件

点击File导入文件

点击Add files，选择之前保存的物种数据和环境因子数据表，点击Next

将箭头指向框里的1改为2

选择物种表，在Table name中改为Microbe

点击Next

选择环境因子表格，名称改为Env

点击Finish

选择constrained……

点击Next

选择RDA/CCA(本文以RDA为例)，点击Next

点击Next

点击Finish

点击Yes

点击Yes

点击Include直到出现最后一个弹框，然后点击Ok

红框中出现信息就是每个环境因子的解释量等信息

点击左下角New......

点击Next

点击Next

选择红色箭头的选项

将右边框的环境因子移动到左边框，去除某些不显著的环境因子，本例中不去除

点击Next

选择红色箭头所指的选项

点击Finish

点击Yes

后面的操作与前面的一致

03

详细信息出来后，图像随之也出来，点击Graph1即可查看物种与环境因子之间的关系，Graph2查看样本与环境因子之间的关系

如果想要同时查看物种、样本与环境因子之间的关系，可在Graph选项中选择Triplots，选择with environmental variables。

选择图像中的元素点击右键可进行编辑和修改

最后该软件可到处tiff等图像，同时也能到处PDF和AI格式的矢量图进行后续美化编辑。

*部分素材来源网络，侵删！

THE END

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