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最近有朋友问我怎么画circos图,需求比较简单,附上简单的代码
library(RCircos)
如果没有这个包,请自行安装
install.packages("RCircos")
最后一次介绍安装命令,以后有需要自己安装,不再在代码中体现了。
##导入各种需要的数据,感兴趣可以自己打开看看数据是什么样的
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
data(RCircos.Scatter.Data)
data(RCircos.Histogram.Data)
data(RCircos.Link.Data)
data(RCircos.Ribbon.Data)
查看第一行数据
UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram[1,]
开始做图
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info=UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram,chr.exclude=NULL,tracks.inside=5,tracks.outside=0)
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot() ##做出最外层
RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col=5,track.num=1, side='in', by.fold=1) ##从外到内的第二层
RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data