相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧!
在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。
打开后界面如下:
以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例,以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。
绘制circos图
1.数据准备
首先我们要做的就是准备画图所用到的数据,所用数据为物种在各样品中的相对丰度,这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图,数据如下(列名A、B、C为样品,行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类):
OTU A B C
Acetobacteraceae 0.506365321669611