python画circos图_教你在线绘制circos图-简单！

相信大家都听说过circos图，但是亲自画过的人可能就很少，这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实，circos图也是可以在线绘制的，这样就简单多了！一起来了解一下吧！

在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。

打开后界面如下：

以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家讲解circos图的绘制功能。该图能够很直观的反映各样品中不同物种所占的比例，以及物种在不同分组或者样品中的分布关系。

绘制circos图

1.数据准备

首先我们要做的就是准备画图所用到的数据，所用数据为物种在各样品中的相对丰度，这里只选用丰度大于0.01的物种用于绘图，数据如下(列名A、B、C为样品，行名Acetobacteraceae等是科一水平的物种分类)：

OTUABC

Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733

Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749

Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988

Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598

Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018

Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225

Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856

Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058

Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722

由于网站要求的数据格式为非负整数，故将所有的数据乘1000(系统会自动截掉小数点后的数据)，输入数据则变为：

OTUABC

Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

2.绘图

数据准备好就可以来绘制circos图了，只需要导入数据就可以。

生成的图片如下：

可以看到，图中的物种和样品完全是按照字母顺序排列的，我们希望物种和样品分别位列两边，这里可以人为的对其指定顺序。方法也很简单，就是在数据的第一行和第一列用数字来指定顺序。如下：

OTUOTU1   2   3

OTUOTUABC

12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733

10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988

8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598

6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018

11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225

7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856

5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058

9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722

4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749

第一行指定了样品的顺序，而第一列按丰度指定物种的顺序。生成图片时要勾选下图红框中的选项(排序所用)，不然会报错哦！

新图如下：

图中由于部分物种丰度较低，导致物种名重叠，解决这个问题可以改变文字的布局。这时就需要进行设置了。

3.图片设置

点击"settings"进入设置界面，会有很多的设置选项，可以对图片进行细调。

这里只需要修改两个地方即可，将下图第一个红框改为“no”，可以调整文字为垂直布局，避免重叠；但是如果物种名太长，又可能会超出图片范围，所以要缩小圆圈的半径，即将第二个红框改为small。

修改并保存设置后，重新生成图片：

好了，今天小编就先给大家介绍到这里，希望对您的科研能有所帮助！祝您工作生活顺心快乐！

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