聚类热图分类注释_技术贴 | R语言：手把手教你画pheatmap热图

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路

导读：

pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类，但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类，具体看分析需求。利用display_numbers参数可以在热图中的每个cell中填入想要的信息，例如相对丰度信息。利用cutree_rows和cutree_cols参数可以根据聚类产生的tree信息对热图进行分割。利用annotation_col和annotation_row参数可以给横或列添加分组信息。本文将先模拟输入矩阵数据，然后再展示这些参数的具体使用方法。

一、模拟输入矩阵

set.seed(1995)  
# 随机种子
data=matrix(abs(round(rnorm(200, mean=0.5, sd=0.25))), 20, 10)  
# 随机正整数，20行，20列
colnames(data)=paste("Species", 1:10, sep=".")  
# 列名-细菌
rownames(data)=paste("Sample", 1:20, sep=".")  
# 行名-样品

data_norm=data
for(i in 1:20){
    
    sample_sum=apply(data, 1, sum)
    for(j in 1:10){
    
        data_norm[i,j]=data[i,j]/sample_sum[i]
    }
}
# 标准化

data_norm

图1

二、聚类分析和热图

1. 基础热图

l