r语言热图对列不进行聚类_R语言 Pheatmap 画非聚类 热图

python pandas 加 R Pheatmap 画非聚类热图

最近需求一个需求图

f9cb530a4fb553c2f42fd8f157cd451.png

上面的annotation部分用作临床注释，下面显示Gene 出现的频次。不多说直接上代码。

#Encoding:utf8

library(pheatmap)

file

file2 = "C:/Users/qy/Desktop/data4.csv"

首先导入数据文件

数据文件分为两个部分，我是用python pandas 包处理的数据

因为比较快

data2 是一个用pandas onehot处理过的一组数据

image.png

data4

image.png

data

annotation_col = read.table(file2,header=T,sep=",",row.names = 1)

read.table吧数据处理成dataframe格式

annotation_col 是顶部的annotation 内容，列名为annotation的标签

Treatment.regimen = c("red","blue","green","#4D4D4D","darkgreen")

Primary.tumour.s