r语言 转录本结构及丰度_技术贴 | R语言：envfit环境因子和菌群回归分析

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利用"基于菌群数据的样本排序"/"样本排序坐标"与环境因子进行多元回归可以分析环境因子与物种组成是否有显著的线性关系。计算样本排序排序有两种方法：一、约束性排序法有RDA、CCA等；二、非约束排序PCA、CA、PCoA、NMDS等。如果约束排序分析结果中环境因子的解释程度偏低，这时可以考虑使用非约束排序的方法再次分析。

分析思路可以是：1. 利用bray-curtis算法计算样本之间的距离，然后用R cmdscale进行多维尺度变换[multidimensional scaling, MDS]获得所有样本的样本排序ordination，也就是样品的mds1 mds2坐标[衡量样品variation或菌群结构]，接着用回归函数envfit进行环境因子(观测变量)与ordination(非约束性轴)之间的回归拟合分析，permut