autodock无map文件_使用Autodock进行分子对接的步骤

记录一下使用AutoDock进行分子对接的步骤。

采用漆酶4Q89的晶体结构作为分子对接的受体，四环素小分子作为配体，进行半柔性对接，受体蛋白设为刚性，对接配体小分子设为柔性。

操作环境：CentOS 7系统，Autodock 4.2，MGLTools 1.5.6。

1. 从PDB中下载晶体结构，用分子可视化软件(pymol，vmd，D$等)或文本编辑器对受体进行去水、去除不需要的杂原子等处理，保存为4Q89.pdb作为受体结构。对配体分子四环素进行电荷、质子化状态确认，并保存成tetracycline.pdb作为配体结构。

2. 启动AutoDockTools，点击Ligand>Input>Open...，打开tetracycline.pdb，将四环素分子加载到坐标窗口。软件会提示结构中的非极性氢原子、芳香碳原子个数、可旋转建等信息，点击确定即可。再点击Ligand>Input>Choose...，选择tetracycline作为AutoDock4对接的配体分子。