LightDock、PatchDock蛋白蛋白对接软件linux端命令行使用

本文详细介绍了如何在Ubuntu系统中使用LightDock和PatchDock进行蛋白蛋白对接。首先,介绍了PatchDock的网页版和软件包的下载及使用方法。接着,详细阐述了LightDock的python版本,包括网页版入口、对接注意事项,如pdb文件的预处理(删除杂原子)和错误处理(使用padbfixer工具修复蛋白)。整个过程提供了相关的参考资料和视频教程链接。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

本文实在ubuntu下操作

DDB1-CRBN.pdb 、brd4.pdb 是需要对接的两个pdb蛋白文件

1、PatchDock

网页版:https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php

PatchDock有网页版,如下;软件版需要申请获取下载链接
参考:https://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/php.php
https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127363166

软件包网盘地址分享:链接:https://share.weiyun.com/WQLPc2n4 密码:ptgxni

下载解压后:
在这里插入图片描述
使用:

1、生成params.txt
./PatchDock/buildParams.pl
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