【方法篇】液质联用（LC-MS）结合BAP方法分析蛋白泛素化修饰

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泛素化是一种高度保守的多肽（76个氨基酸组成），可通过酶机制与底物蛋白结合，存在于所有真核细胞中。通过一系列的酶级联反应，通过E3或泛素连接酶将泛素部分转移到目标蛋白。泛素连接酶不仅可以将泛素偶联到靶蛋白上，还可以进行重复组装形成多聚泛素链。此多聚泛素链的化学性质决定其生物学功能，赖氨酸上48个泛素多聚链通过蛋白酶体促进底物的降解，蛋白酶体也是一种多聚蛋白酶复合物，泛素化蛋白被蛋白酶体水解的的过程在清除错误折叠蛋白中具有普遍作用，也是信号通路调控的一种常见机制。此外其他线性多聚泛素化也有参与信号通路的激活。

泛素化对细胞蛋白质稳定性和细胞功能有及其重要的影响，质谱法（LC-MS/MS）可用于分析出蛋白中特定氨基酸发生泛素化的位点及其结合的靶蛋白，然而蛋白质组分析所需的纯化是极具挑战性的。

此文中所采取的方法是一种双分子亲和纯化方案(bimolecular affinity purification , BAP)，用于分离特定的泛素化蛋白，其中含有与泛素和靶蛋白结合的亲和基团。与泛素发生偶联后，该蛋白靶向两个亲和标签，纯化得到该特异性的泛素化修饰形式的靶向蛋白。当然，为了避免裂解过程中的去泛素化发生或者互作蛋白的