以下内容均翻译自官方文档:https://pylidc.github.io/install.html,如有错误,欢迎指正,谢谢。
Python 2 和 3均支持pylidc,并且pylidc可以在 Linux、Mac和Windows 上工作。
可以通过pip命令进行安装:
pip install pylidc
Dicom文件目录配置
pylidc不仅可用于分析和查询注释数据(不需要访问DICOM图像数据),也能用于处理与LIDC数据集相关联的DICOM文件。pylidc寻找一个指定的配置文件,告诉它DICOM数据在您的系统中的位置。您可以在不创建这个配置文件的情况下使用pylidc,但任何依赖于CT图像数据的功能都将无法使用。
pylidc在你的home文件夹中寻找一个配置文件,在Mac和Linux上叫.pylidcrc,在Windows上叫pylidc.conf。你必须创建这个文件。在Linux和Mac上,这个文件应该位于/home/[user]/.pylidcrc。在 Windows 上,该文件应位于 C:Users[User]pylidc.conf。
配置文件的格式如下:
[dicom] path = /path/to/big_external_drive/datasets/LIDC-IDRI warn = True
如果你想在不利用DICOM数据的情况下使用pylidc(比如说,查询注释属性等),你可以删除路径,并将warning设置为False,让路径未定义,即:
[dicom] warn = False
DICOM文件应该存储在一个带有相应PatientID的文件夹中(即LIDC-IDRI-dddd形式的字符串,其中ddddd是一个4个整数的字符串):
/path/to/big_external_drive/datasets/LIDC-IDRI/LIDC-dddd
匹配所请求的特定扫描的SeriesInstanceUID和StudyInstanceUID的DICOM文件。