白话实验室的博客

1. gromacs程序运行完之后，可以对结果测定任意两原子之间的距离。命令如下：计算JZ4的羟基到102位残基O的距离(找到相应的残基，-select后面为英文双引号)gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select "resname JZ4 and name O10 plus resid 102 and name OE1" -oall2. 生成一dist.xvg文件，如何导入origin进行作图？新建一文本文档，改名为orgi

gromacs学习中，面临各种报错，作为初学者，自己把踩过的坑一一记录下来，希望对后来者有所帮助。1. 报错： Atom index n in position_restraints out of bounds解决方案：见官网，链接：http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Atom_index_n_in_position_restraints_out_of_bounds解释：简单说就是topol.top文件中最后部分分子的的位置约束文件排列不整齐，比