【gromacs学习】-gromacs报错解决方案

最新推荐文章于 2024-09-30 11:05:43 发布
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分类专栏： gromacs学习 文章标签： 动力学 gromacs
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42430866/article/details/106822608
版权
这篇博客记录了gromacs初学者在学习过程中遇到的'Atom index n in position_restraints out of bounds'错误及其解决方案。问题源于topol.top文件中分子位置约束文件的不正确排列，正确做法是将各部分的itp和posre.itp文件合并。强调了topol.top文件的编写正确性对避免此类错误的重要性。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

gromacs学习中，面临各种报错，作为初学者，自己把踩过的坑一一记录下来，希望对后来者有所帮助。

1. 报错： Atom index n in position_restraints out of bounds

解决方案：见官网，链接：http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Atom_index_n_in_position_restraints_out_of_bounds
解释：

在这里插入图片描述

简单说就是topol.top文件中最后部分分子的的位置约束文件排列不整齐，比如：
WRONG:
#include “topol_A.itp”
#include “topol_B.itp”
#

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#### 解决方案建议： 1. **检查是否真的需要用到 IB 协议**：如果不是特别需求不需要强制开启的话，那么忽略该提示也是可行的选择之一； 2. **如果确定要用到IB协议**：可以在启动MPI程序之前设定相应的MCA参数， ``...
Executable: /public/software/gromacs-2023.2-gpu/bin/gmx_mpi Data prefix: /public/software/gromacs-2023.2-gpu Working dir: /public/home/zkj/BSLA_in_Menthol_and_Olecicacid/run1 Command line: gmx_mpi mdrun -deffnm npt-nopr -v -update gpu -ntmpi 0 -ntomp 1 -nb gpu -bonded gpu -gpu_id 0 Reading file npt-nopr.tpr, VERSION 2023.2 (single precision) Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 1 to 1.065 Update groups can not be used for this system because there are three or more consecutively coupled constraints ------------------------------------------------------- Program: gmx mdrun, version 2023.2 Source file: src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp (line 786) Function: bool gmx::decideWhetherToUseGpuForUpdate(bool, bool, PmeRunMode, bool, bool, gmx::TaskTarget, bool, const t_inputrec&, const gmx_mtop_t&, bool, bool, bool, bool, bool, const gmx::MDLogger&) Inconsistency in user input: Update task on the GPU was required, but the following condition(s) were not satisfied: The number of coupled constraints is higher than supported in the GPU LINCS code. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. -------------------------------------------------------------------------- [warn] Epoll MOD(1) on fd 8 failed. Old events were 6; read change was 0 (none); write change was 2 (del): Bad file descriptor [warn] Epoll MOD(4) on fd 8 failed. Old events were 6; read change was 2 (del); write change was 0 (none): Bad file descriptor
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GROMACS Tutorial - TMD with NeqPCA
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段错误（核心已转储）的本质
dianqicyuyan的博客
06-28 541
coredump叫做核心转储，实际上也就是进程运行过程中的一个内存快照，当进程crash的时候，操作系统接收异常指令之后，在进程crash之前，会把进程做一个内存快照，将这些信息保存在一个文件中，这个文件就是coredump文件。可执行文件是分段存储的，加载进内存也是分段的，如代码段、数据段、堆、栈等，段错误的原因往往是碰到了不该碰到的内存位置（如系统保留段、代码段不能被修改，使用空指针等）。core，核心（线圈），没有半导体之前，使用线圈内存，指代内存。stm32发生段错误会跳转到硬件错误中断。
Gromacs——[ position_restraints ]内容的具体含义
yin1331102028yin的博客
08-21 623
在GROMACS中，您可以使用editconf工具将.gro文件转换为.pdb文件。其中，input.gro是输入的.gro文件的名称，而output.pdb是输出的.pdb文件的名称。在上述例子中，原子索引为 1 的原子受到的受限力是在 x、y、z 方向上都是 1000 kJ/(mol*nm^2)。这将确保.pdb文件包含一个单一的模拟系统单元，而不是原始.gro文件中的多个周期性单元。您还可以通过添加-c选项来将转换后的.pdb文件重置为周期性边界条件内的一个单元。
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溶解蛋白 做xy方向周期时的nvt之前一定要扩充z轴！！！ 出现结构不对称的原因是因为水层的xoy横截面积与分子层的横截面积不一样！！！ gmx editconf -f chain_B.gro -o chain_B_33same_box.gro -c -box 10.2240 10.3320 10.00 gmx solvate -cp chain_B_33same_box.gro -cs spc216.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_water.gro 离子平
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