nextpolish安装_利用NextDenovo进行三代组装（四个组装软件结果比较）

一：下载安装

下载地址

https://github.com/Nextomics/NextDenovo/releases/download/v2.1-beta.0/NextDenovo.tgz

**INSTALL**

`tar -vxzf NextPolish.tgz && cd NextPolish && make` ## 现在不需要安装了，直接下载解压就可以用了

需要注意的是这个软件运行需要Python2的环境哦。然后安装好了记得加环境。

这次用的是大肠杆菌的一个pacbio数据做的测试。

二：配置文件

1. 配置run.cfg文件

安装好了之后在你的文件夹下面有一个test_data的文件夹，里面有例子，复制过来改一下就ok了。

mkdir ecoli && cd ecoli

cp /path to/NextDenovo/test_data/run.cfg .

vim run.cfg

大致就像这样，里面有些需要改，有些用默认就好。

run.cfg文件

参数解读：

job_type 设置运行环境，可以使用(local， sge， pbs等)

seed_cutfiles 如果在集群上运行，建议设置为可用的节点数，同时设置correction_options的-p为各个节点可用的核数，保证每个节点只有一个correction任务，减少运行时的内存和IO。 如果local上运行， 建议设置为总可用的核除以correction_