nextpolish安装_NextDenovo/NextPolish

由希望组研发总监+联合创始人胡江带领的团队历时2年研发的一款集比对、矫正、组装于一体的基因组组装软件，针对三代测序(Nanopore、PacBio)数据进行高效矫正和精确组装，极大减少计算资源和运行时间，同时组装出高质量基因组。

图1 NextDenovo 作者和NextDenovo flowchart

NextDenovo 一经开源引起国内外广泛使用和报道。截止2020年5月NextDenovo Github(https://github.com/Nextomics/NextDenovo)下载次数超过2000次。

图2 Github 上NextDenovo版本迭代以及下载次数统计

图3 国内外媒体对NextDenovo 报道

对于复杂基因组(高杂合植物Plant1、高同源多倍体Plant2、超大基因组Plant3/Plant4)NextDenovo表现非常好的性能。

表1 NextDenovo对于复杂基因组组装表现

SpeciesGenome size(Gb)Contig N50(Mb)Contig number(#)Total length(bp)

Plant12.366.32752,037,039,384

Plant20.7759.7185780,786,253

Plant311.025.023,64110,417,871,370

Plant410.7693.2632910,759,349,041

截止2020年5月使用NextDenvo发表文章多篇，包括Nature Plant、GigaSciecne等知名期刊。