做一个定制的ref,操作是把scarfold连起来,一个基因组就做1条序列。
for i in HUN*.fa
do
sed -i 's/>.*//g' $i
sed -i ':a;N;s/\n/ /g;ba' $i
echo ">$i" >>HUN.ref
cat $i >>HUN.ref
done
sed -i 's/\.fa//g' HUN.ref
做一个定制的ref,操作是把scarfold连起来,一个基因组就做1条序列。
for i in HUN*.fa
do
sed -i 's/>.*//g' $i
sed -i ':a;N;s/\n/ /g;ba' $i
echo ">$i" >>HUN.ref
cat $i >>HUN.ref
done
sed -i 's/\.fa//g' HUN.ref