利用seqtk处理序列文件

1. fq文件转fa文件

 seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa

2.把长型的fa或者fq文件折贴（加回车变成多行），且删除序列名中的注释信息

seqtk seq -Cl60 in.fa > out.fa

3.把折贴型的fq文件（多行显示）转换成长型的（标准4行）

 seqtk seq -l0 in.fq > out.fq

4.反转得到互补连

 seqtk seq -r in.fq > out.fq

5.按照序列名抽提序列，每行1个名称

seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq

6.抽提还有序列片段（保存在reg.bed文件中）的序列

 seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa

7.随机抽平（双端测序注意随机种子设置一致，保证配对）

 seqtk sample -s100 read1.fq 10000 > sub1.fq
 seqtk sample -s100 read2.fq 10000 > sub2.fq

8.根据碱基质量修剪序列

seqtk trimfq in.fq > out.fq

9.从左端（-b）或右端(-e)修剪一定数量碱基

seqtk trimfq -b 5 -e 10 in.fa > out.fa