偏置面命令_PLUMED学习-Metadynamics偏置

Bias：偏置

METAD

元动力学偏置指定的集体变量CV。通过在原有的势能面上施加高斯型的偏置势，抬高势阱，使体系发生跃迁。

所有高斯函数的信息输出到一个名为HILLS的文件中，用于重启计算以及重构势能面（关于该集体变量CV的势能面）。自由能可以通过该元动力学计算进行偏置，因为

后处理过程中，自由能可以通过sum_hills指令计算。

METAD方法需要存储每一个之前添加的势函数，因此随着模拟时间的增加，计算量会越来越大。为了避免这种情况，我们可以将每一个偏置存储到一个grid网格中。这样子做的话，我们需要事先定义好给该CV分配多少个bin，通过定义grid的数量（GRID_BIN）或定义每个bin的空间（GRID_SPACING）。如果两个都提供了，那PLUMED会用最保险的方法（bin的数量最多的那种）。如果没有定义的话，并且高斯函数的width固定的话，那么PLUME