生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

最新推荐文章于 2024-12-31 09:43:05 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 数据挖掘 数据分析 bash
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本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/130311284
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本文介绍了如何通过Samtools从BWA比对结果中提取mapped reads，首先构建参考序列索引，然后进行bwa比对并转换SAM为BAM格式，最后用samtools提取比对成功的reads。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

本文目的：筛选出能比对到参考序列的mapped reads，形成新的fastq文件

参考序列构建索引

bwa index ref.fasta

运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sa

bwa比对+samtools进行sam2bam转换

利用samtools view 命令可将bwa比对生成的为sam（sequence Alignment mapping)文件，将SAM转换为二进制对应的BAM格式。

bwa mem ref.fasta sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz
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生信技能46 - Call人类线粒体变异和提取chrM变异位点
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Mamba yolo
最新发布
02-12
### Mamba 和 YOLO 的融合及其应用 #### Mamba 主干网络简介 Mamba主干网络源自论文《Mamba-UNet：用于医学图像分割的类似UNet的纯视觉Mamba网络》[^1]。该网络专为高精度医学图像分割设计，具有强大的特征提取能力。其架构借鉴了UNet的设计理念，在保持高效的同时提升了模型性能。 #### YOLO 对象检测框架概述 YOLO (You Only Look Once) 是一种实时对象检测算法，能够快速准确地识别图片中的多个目标物体[^2]。最新版本YOLOv8引入了一系列创新机制来增强检测效果，包括但不限于改进后的骨干网络、优化损失函数以及更有效的数据预处理方法等。 #### 结合两者优势的新一代模型——Yolo-Mamba 为了进一步提升YOLO系列模型的表现力，《Mamba-UNet：用于医学图像分割的类似UNet的纯视觉Mamba网络》提出了一种全新的思路：采用Mamba作为YOLOv8的替代主干网，从而创建出名为Yolo-Mamba的新颖架构。这种组合不仅继承了原有系统的速度优势，还显著增强了对于复杂场景的理解能力和细节捕捉水平。 ```python import torch.nn as nn class YoloMamba(nn.Module): def __init__(self, num_classes=80): super(YoloMamba, self).__init__() # 定义Mamba主干网络层 self.backbone = MambaBackbone() # 后续头部和其他组件... ```
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