bam文件读取_比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth

做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。传统手艺一般可以使用 bedtools cov或者 samtools depth来直接实现，但是受限其速度，这些工具我个人用起来体验不太好，特别是对文件大小很大的BAM file。今天就给大家推荐一款我觉得非常好用，速度很快的比对文件BAM/CAM深度检测好用工具，Mosdepth。

工具简介

Mosdepth是一种新的命令行工具，用于快速计算全基因组测序覆盖率。它测量BAM或CRAM文件在基因组中每个核苷酸位置或基因组区域的深度。可以将基因组区域指定为被BED文件覆盖的指定区域，或者指定为CNV calling所需的固定大小窗口。Mosdepth使用一种计算效率高的简单算法，使其能够快速生成覆盖摘要。Mosdepth比现有工具更快，并且提供了所产生的覆盖剖面类型的灵活性。

工具特点

总的来说，Mosdepth有以下几项比较显著的特点:

• 对比bedtools, samtools 速度快

• 可以根据给定窗口大小来计算平均每个窗口深度，用于CNV calling

• 能根据BED文件给出其覆盖的指定区域的深度

• 量化输出，它合并相邻的碱基，只要它们都同时落入相同的覆盖深度的区域，例如(10X-20X)。

• 能给出每个染色体和全基因组在特定阈值或以上覆盖的碱基比例分布。

• 能够设定阀值输出，用于表示在给定阈值处覆盖每个区域中有多少个碱基。

• 能给出每条染色体和每条染色体特定区域内平均深度的总结。

工作原理

当遇到每条染色体时，mosdepth会在染色体的长度上创建一个数组。对于遇到的每个起始位置，它会增加数组位置的值。对于每个停止的位置，它会减少该位置。由此，特定位置处的深度是其前面的所有阵列位置的累积和(在BEDTools中使用类似的算法，其中单独跟踪开始和停止位置)。mosdepth避免重复