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微生物群落多样性测序与功能分析

微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序， 通过分析测序序列的构

成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。 借助不同环境

下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关

系，寻找标志性菌群或特定功能的基因。 对微生物群落进行测序包括两类， 一类

是通过 16s rDNA，18s rDNA，ITS 区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多

样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离培养微生物，而对所有微生物

DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值的基因资

源。

以 16s rDNA 扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析，

目前的生物信息学分析也可以基于 16s rDNA 的测序对微生物群落的基因构成和

代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。

目前我们根据 16s 的测序数据可以将微生物群落分类到种( species )(一

般只能对部分菌进行种的鉴定)，甚至对亚种级别进行分析，

几个概念：

16S rDNA (或16S rRNA)： 16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的

基因，长度约为 1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究

中最常用和最有用的标志。 16S rRNA基因序列包括 9 个可变区和 10 个保守区，

保守区序列反映了物种间的亲缘关系， 而可变区序列则能体现物种间的差异。 16S