vegan稀释曲线 基因丰度_基于OTU的稀释曲线（Rarefaction curves） + ggplot2

1. 简介

稀释曲线(Rarefaction curves)是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数)，统计它们所对应的OTUs种类(代表物种)，并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。

一般情况下，横坐标代表随机抽取的序列数量，纵坐标代表观测到的OTUs种类数量，样本曲线的延伸终点的横坐标位置为对应样本的测序数量，反映了Alpha多样性中的物种丰富度指数(Richness)信息。

稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性，并间接反映样品中物种的丰富程度，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量渐进合理，更多的数据量只会产生少量新OTUs(物种)；反之表明不饱和，增加数据量可以发现更多OTUs。

2. 实战

数据样式：常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。

library(picante)

library(ggplot2)

rm(list = ls())

file

genes_abundance

row.names = 1, sep = '\t',

stringsAsFactors = FALSE,

check.names = FALSE)

# 去掉"#"注释开头,和物种注释结果

genes_abundance

genes_abundance

# 行列转换

otu

# step 表示抽样步长

rare_otu

names(rare_otu)

plot_data