基因丰度统计

最新推荐文章于 2024-04-27 13:54:17 发布

猿大人007

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分类专栏：宏基因组

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基因丰度计算

使用soap将clean data比对到非冗余的核酸序列NonRundant.gene.nucl.fasta。根据soap比对结果，获得比对到某基因的read数。Soap比对工具的使用在之前的微信推送稿中介绍过，这里就不做说明。然后，基于read数获得基因的丰度值，计算方法如下：

	S1	S2	S3
G1	.	.	.
G2	.	.	.
G3	.	.	.

样本i中基因j表示为SiGj, 样本i中比对到基因j的read数表示为SiGj_read，基因j长度表示为Gj_len。

相对丰度：SiGj丰度值=（SiGj_read/Gj_len）/（SiG1_read/G1_len+SiG2_read/G2_len+SiG3_read/G3_len ...）

参考：宏基因组分析——基因预测篇

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vegan稀释曲线基因丰度_一文读懂宏基因组分析套路

weixin_33902056的博客

12-14

1171

宏基因组分析套路很多朋友感觉宏基因组的分析结果内容种类太多，根本学不过来。其实本质上并不复杂，只分为两类：物种组成和功能组成两大类，它们是核心结果；再加上开头系统描述和结尾的讨论比较。通常会出现固定套路的4部分结构。今天就从之前解读3篇CNS文章(1篇nature, 2篇science) 入手，系统总结宏基因组分析的基本思路。助力大家清楚分析思路，更多精力关注科学问题的解决，做出好结果。文章思路和...

vegan稀释曲线基因丰度_蒙古沙冬青及其伴生植物AM真菌物种多样性

weixin_31662303的博客

01-13

1618

蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)隶属豆科沙冬青属, 是西北荒漠生境中唯一常绿阔叶灌木, 耐干旱、抗逆性强, 在保持水土和防治荒漠化方面作用显著[。与蒙古沙冬青相伴而生的霸王(Zygophyllum xanthoxylum)、四合木(Tetraena mongolica)、白刺(Nitraria tangutorum)、沙蒿(Artemisia desterorum)...

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Bracken:蕨菜（用KrakEN进行贝叶斯丰度估计）是一种高度精确的统计方法，可以从宏基因组学样本中计算DNA序列中物种的丰度。

05-04

蕨菜2.6丰度估计有关蕨菜的新闻，更新和说明，请访问： : Bracken的同行评审论文（2017年1月2日发布）：：安装 Bracken是Kraken 1或Kraken 2的配套程序，而Kraken在分类树中将读取分类为多个级别，而Bracken允许使用这些分类在单个级别上估计丰度（例如Bracken可以估计样本中物种的丰度）。在安装Bracken之前，请先安装Kraken：可从此处下载Kraken：：轻松安装Bracken： bash install_bracken.sh 硬蕨安装： cd src/ && make Add bracken/bracken-build and scripts in src/ to your PATH 重要信息：蕨菜与MPA风格的报告不兼容。 Bracken需要kraken / kraken2中的默认报告格式。蕨菜2.5.

基因丰度的统计

rojyang的博客

07-25

314

calculateRA2.pl #!/usr/bin/perl -w use strict; use Getopt::Long; my $usage =<<_USAGE_; usage perl calculateRA.pl -i input -o output -f1 count for filter -f2 rate for filter -m calculate contig...

RNA-Seq丰度计算方法

weixin_45161743的博客

12-13

8720

RNA-seq丰度计算方法一、测序bias二、定量方法三、丰度计算方法1. reads Count2. RPKM/FPKM3. RPM/CPM4. TPM四、区别参考链接： https://www.jianshu.com/p/c25e84383ae3 一、测序bias 长度：相同表达丰度的转录本，往往会由于其基因长度上的差异，导致测序获得的Read（Fregment）数不同。总的来说，越长的...

Salmon-超快速、准确的基因丰度计算

Neptuneyut的博客

11-17

3106

文章目录获取转录组并建立索引获取转录组并建立索引为了量化转录本水平的丰度，Salmon需要目标转录组。该转录组以多FASTA序列文件（可以是压缩的）的形式提供给Salmon，每个序列均是转录本。在此示例中，我们将分析拟南芥的一些数据，因此我们将下载拟南芥转录组并为其编制索引。下载参考转录组 curl ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-28/fasta/arabidopsis_thaliana/cdna/Arabidopsis_tha

基于BWA，Bowtie2，Salmon和SAMtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比（20231217更新）

zrc_xiaoguo的博客

12-16

3422

计算contigs的丰度一般使用assembly的结果，计算基因风度时一般用prodigal的结果，prodigal结果中建议同时输出蛋白序列和核酸序列文件，基因注释是一般使用diamond需要使用蛋白序列，而这里计算丰度需要与原始核酸序列进行比对，所以这里要用核酸序列，prodigal输出的核酸序列和蛋白序列id一样，所以只需要最后以序列id进行mapping就可以了。

CoverM 相对丰度计算方法分析

weixin_44881875的博客

10-05

5566

- relative_abundance 计算方法: 1. 计算每个基因组的测序深度 2. 以全部基因组测序深度之和作为总丰度, 对每个基因组 (细胞) 计算比例 3. 按比对率校正群落已知类群的丰度.

科研文献|粪便污染可以解释人为影响环境中抗生素耐药基因丰度

weifanbio的博客

10-28

303

研究介绍对耐抗生素细菌对人类健康构成的威胁的日益关注，也使注意力转向了这个问题的环境层面。处理后的污水排放导致抗生素耐药菌、耐药基因和抗生素残留释放到环境中。然而，尚不清楚污水和受污水影响的环境中抗生素抗性基因丰度的增加是由于残留抗生素的现场选择压力，还是仅仅是由于粪便被抗性细菌污染的结果。研究结果发现，抗性基因的存在很大程度上可以用粪便污染来解释，在环境中没有明显的选择迹象，除了被制造过程中非常高水平的抗生素污染的环境外，选择是显而易见的。我们的结果表明有必要考虑粪便污染水平，以避免对抗生素耐药性的

vegan稀释曲线基因丰度_如何绘制带置信区间的物种积累曲线

weixin_39666496的博客

01-13

2356

背景稀释曲线(Rarefaction curves)是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数)，统计它们所对应的OTUs种类(代表物种)，并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。一般情况下，横坐标代表随机抽取的序列数量，纵坐标代表观测到的OTUs种类数量，样本曲线的延伸终点的横坐标位置为对应样本的测序数量，反映了Alpha多样性中的物种丰富度指数(Richness)信息。稀释曲线可...

从metaWRAP quant_bins计算模块理解宏基因组分箱bin的丰度计算

Emmett Diary

08-09

4907

背景在进行扩增子分析时，我们拿到的最关键的一个中间数据就是OTU/ASV表，在这个矩阵中，我们能获得我们的分析对象（OTU/ASV）在样本间的分布规律，并通过微生物群落的结构在样本之间的差异来解决一系列的科学问题。其中，我们常常可以通过OTU/ASV在不同样本间的共现关系得到它们之间的相关性关系。在WGS支持下的宏基因组测序分析，通过组装、分箱等步骤可以获得metagenome assembled genomes（MAGs），每一个MAG常被认作一个单菌，我们选取高质量（完整度高、污染率低）的MAG可以

基于BWA，Bowtie2，Salmon和SAMtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比（20241217更新(1)

最新发布

2401_83946509的博客

04-27

1143

这里需要注意第一列的sequence id，后续需要mapping到基因注释结果中对应的seq id，除此外，我们只需要reads的mapping信息即可。接下来可以根据map的reads数计算相对丰度，也即除以contig长度和总得reads数，类似于RNA-seq中的RPKM标准化方法。假如是多样品混合拼接，只需要将每一个样品的reads数据重复上面操作，最后根据contig id进行整合。

物种丰度计算

10-11

5222

由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。物种丰度计算准备工作： 1　　使用SOAPAligner对过滤好的数据进行比对，得到相应的.soap文件，里面记录匹配到的reads的情况； 2　　还需要将所有用到的reference做一个TAX，tax文件记录reference的物种信息，每一行分别是一个物种的gi号、界、门、纲、目、科、属、种、亚种的...

宏基因组分析流程

周欣的博客

05-21

1万+

分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Meg...

微生物组学测序十大错误认知

Majorbio2020的博客

06-22

7498

大家都知道，使用高通量测序技术解决微生物组学问题，已经成为一种成熟并且高效的技术手段。最近呢，我们的技术人员与科研工作者沟通时，发现很多人对组学研究存在不少模糊甚至错误的认识，为了便于大家学习到正确的知识，我们特意收集了最多、最受研究者们关注的典型十大错误认知，帮您梳理背后的逻辑，助您知其然知其所以然，明明白白做科研。错误认知1：微生物组学测序，测序量越多越好解析：微生物组学测序，大致呢可以分为五类，即纯培养微生物基因组denovo测序、微生物基因组重测序、微生物转录组测序以及基于混合型的宏样本多样

19、SOAP安装，运用与比对结果解释

weixin_30809173的博客

11-10

650

转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344 软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz ...

tpmC简单计算法

yangzibin的博客

07-29

1033

计算原则：以单台服务器性能进行计算，即确保单台服务器工作的时候可以满足系统正常运行的需要；假设每天有1万人次来窗口办理业务，每人次办理一项业务。即以每日1万笔前台交易为例进行综合系数的推导： 1. 假设每月前台交易数（未来5年内的设计指标）为220,000 （有些业务在月初、月末的处理量比较高，按月统计可以平衡此项差异）; 2. 每日前台交易数=220000/22=10,00...

如何用16s rRNA测序数据计算特定菌种的相对丰度并比较

weixin_42603332的博客

02-12

2501

计算特定菌种的相对丰度并比较的一般步骤如下: 序列数据处理: 对16S rRNA测序数据进行去噪、去除低质量、合并重复和去除污染的步骤。比对和分类: 使用比对工具将序列数据与参考数据库中的基因组进行比对，并将数据分类到物种或者分类单元的水平。计算相对丰度: 根据分类结果统计特定菌种的相对丰度，通常使用样本中该菌种的序列数量除以样本总序列数量。比较相对丰度: 将计算出的相对丰度进行比较...

肿瘤基因检测的解读流程