基因丰度统计

最新推荐文章于 2022-01-14 11:09:48 发布
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分类专栏： 宏基因组
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基因丰度计算

使用soap将clean data比对到非冗余的核酸序列NonRundant.gene.nucl.fasta。根据soap比对结果，获得比对到某基因的read数。Soap比对工具的使用在之前的微信推送稿中介绍过，这里就不做说明。然后，基于read数获得基因的丰度值，计算方法如下：

S1

S2

S3

G1

.

.

.

G2

.

.

.

G3

.

.

.

样本i中基因j表示为SiGj, 样本i中比对到基因j的read数表示为SiGj_read，基因j长度表示为Gj_len。

相对丰度：SiGj丰度值=（SiGj_read/Gj_len）/（SiG1_read/G1_len+SiG2_read/G2_len+SiG3_read/G3_len ...）

参考：宏基因组分析——基因预测篇

猿大人007
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milo:KNN图上的微分丰度
05-03
微分丰度分析是一种统计方法，常用于比较不同条件或组间的分子丰度差异，例如在生物学中比较基因表达或在化学中比较化合物的丰度。 KNN图构建： KNN图是一种无向图，其中每个节点代表一个数据点，边的存在表示两个...
宏基因组分析流程
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周欣的博客
05-21 1万+
分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Meg...
Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(下)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-08 4116
本文转载自“态昌基因”，己获授权。Nature Reviews：给医生的菌群分析指南(上），主要从实验阶段介绍了以下7方面，不清楚的请点击链接跳转原文阅读。1. 样本选择2. 样本的采集...
RNA-Seq丰度计算方法
weixin_45161743的博客
12-13 8570
RNA-seq丰度计算方法一、测序bias二、定量方法三、丰度计算方法1. reads Count2. RPKM/FPKM3. RPM/CPM4. TPM四、区别 参考链接： https://www.jianshu.com/p/c25e84383ae3 一、测序bias 长度： 相同表达丰度的转录本，往往会由于其基因长度上的差异，导致测序获得的Read（Fregment）数不同。总的来说，越长的...
NC：多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-19 4059
文章目录多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能导读背景结果重新组装细菌群落的系统分类特征图1. 重组菌群的降维分析和香农多样性图2. 土壤类型间及土壤内部细菌群落的变化细菌群落的装配过程图3. 与稀释和pH值及细菌香农多样性有关βNTI值。重新装配细菌群落的潜在的功能图4. 不同的处理方法中功能基因的丰度和多样性各不相同讨论图5. 细菌群落装配过程的概念模型方法实验设计与微域培养DNA提取和...
微生物组测序数据相对丰富度转化
qq_47369980的博客
01-14 4874
让你的数据可视化后通过眼睛打开内心直击灵魂
Bracken:蕨菜（用KrakEN进行贝叶斯丰度估计）是一种高度精确的统计方法，可以从宏基因组学样本中计算DNA序列中物种的丰度。
05-04
蕨菜2.6丰度估计有关蕨菜的新闻，更新和说明，请访问： : Bracken的同行评审论文（2017年1月2日发布）： ： 安装Bracken是Kraken 1或Kraken 2的配套程序，而Kraken在分类树中将读取分类为多个级别，而Bracken允许...
21Introduction宏基因组简介1
08-03
3. **差异统计和可视化方法**：通过统计方法（如DESeq2, EdgeR等）分析不同样本间基因功能的丰度差异，然后使用可视化工具（如 Krona, PCA, Heatmap等）展示结果，以便更好地理解微生物群落的变化。 4. **Kraken2...
32Genes基因预测和定量1
08-03
通过使用正则表达式和工具如seqkit，我们可以统计并提取出完整基因的序列，以便进一步分析。 总结来说，微生物组分析中的基因预测和定量涉及多种工具和技术，包括Prokka、Prodigal、cd-hit、Salmon以及各种功能注释...
TPMCalculator:TPMCalculator通过解析BAM文件直接从比对中量化mRNA丰度
05-27
TPM计算器 TPMCalculator通过解析BAM文件直接从比对中量化mRNA的丰度。 输入参数是用于生成比对的相同GTF文件，以及一个或多个包含单端或双端测序读取的输入BAM文件。 TPMCalculator输出由每个样本四个文件组成，分别报告TPM值以及基因，转录本，外显子和内含子的TPM值和原始读取计数。 参考 Roberto Vera Alvarez，Lorinc Sandor Pongor，LeonardoMariño-Ramírez，David Landsman； TPMCalculator：用于量化基因组特征的mRNA丰度的一步式软件，生物信息学，bty896， //doi.org/10.1093/bioinformatics/bty896 conda/ Bioconda TPMCalculator可在Bioconda上找到： ://bioconda.github
EDDA:差异丰度分析的实验设计-开源
07-20
EDDA 是一种用于系统评估实验设计和统计测试对检测差异丰度能力的影响的工具。 EDDA 可以帮助设计一系列常见实验，例如 RNA-seq、ChIP-seq、Nanostring 分析、RIP-seq 和宏基因组测序，并使研究人员能够全面研究实验...
论文研究 - CO浓度升高时不同土壤采样和DNA提取方法对土壤细菌丰度鉴定的影响
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尽管有实验证据支持这种观点，但也有研究提出了微生物种群的变化（例如细菌数量）的建议，但无法通过统计确定。 我们进行了这项研究，以确定使用的采样和样品处理方法是否会影响以细菌丰度为目标变量获得的结果。 ...
高通量测序数据统计分析
10-11
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metabenchmark:元基因组工具基准测试库
05-14
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微生物组学测序十大错误认知
Majorbio2020的博客
06-22 7080
大家都知道，使用高通量测序技术解决微生物组学问题，已经成为一种成熟并且高效的技术手段。最近呢，我们的技术人员与科研工作者沟通时，发现很多人对组学研究存在不少模糊甚至错误的认识，为了便于大家学习到正确的知识，我们特意收集了最多、最受研究者们关注的典型十大错误认知，帮您梳理背后的逻辑，助您知其然知其所以然，明明白白做科研。 错误认知1：微生物组学测序，测序量越多越好 解析：微生物组学测序，大致呢可以分为五类，即纯培养微生物基因组denovo测序、微生物基因组重测序、微生物转录组测序以及基于混合型的宏样本多样
19、SOAP安装，运用与比对结果解释
weixin_30809173的博客
11-10 632
转载：http://www.dengfeilong.com/post/Soap2.html https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71108344 软件下载网址：http://soap.genomics.org.cn/down/SOAPaligner-v2.19-Linux-x86_64.tar.gz ...
物种丰度计算
10-11 5170
由于Qiime出了点问题，ITS项目先缓几天，这两天先忙着做meta的内容。 物种丰度计算准备工作： 1　　使用SOAPAligner对过滤好的数据进行比对，得到相应的.soap文件，里面记录匹配到的reads的情况； 2　　还需要将所有用到的reference做一个TAX，tax文件记录reference的物种信息，每一行分别是一个物种的gi号、界、门、纲、目、科、属、种、亚种的...
tpmC简单计算法
yangzibin的博客
07-29 1022
计算原则： 以单台服务器性能进行计算，即确保单台服务器工作的时候可以满足系统正常运行的需要； 假设每天有1万人次来窗口办理业务，每人次办理一项业务。即以每日1万笔前台交易为例进行综合系数 的推导： 1. 假设每月前台交易数（未来5年内的设计指标）为220,000 （有些业务在月初、月末的处理量比较高，按月统计可以平衡此项差异）; 2. 每日前台交易数=220000/22=10,00...
基因表达数据分析：洞察生命密码
基因表达数据不仅包括mRNA的丰度，还揭示了细胞的生理状态，如健康与疾病状态，药物反应性等。 DNA微阵列技术产生的数据集庞大且增长迅速，这使得解析基因表达模式成为一项挑战。基因表达数据分析的目标包括但不...
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