pysam

仅在Linux上工作

安装：pip install pysam

对于pysam，我是利用fetch方法来查询VCF文件，调用fetch方法需要先对vcf文件建立索引：

/home/user/htslib/htslib-1.14/bgzip -c chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf > chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf.gz

bcftools index -c chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf.gz

然后生成一个csi文件。

python代码如下：

import pysam

f = pysam.VariantFile('/data/user/1000genomes/test/chr22.dbsnp.noGT.recode.vcf.gz')
for rec in f.fetch('22',22449463,23288347):
    print(rec)

最后，仅3s就输出了区间3w2多个位点信息，比起mysql存储花了10.94s快了三倍。

参考：https://www.cnblogs.com/leezx/p/5908767.html
bgzip安装：
http://www.htslib.org/download/
https://blog.csdn.net/weixin_30471065/article/details/95108525