python操作VCF文件

最新推荐文章于 2024-06-24 23:38:03 发布

晏九

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分类专栏：生物信息

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本文介绍了如何使用Python的PyVCF库来操作VCF文件。通过`pip install PyVCF`进行安装后，可以方便地访问VCF文件中样本信息，如双样本的正常（normal）和肿瘤（tumor）数据。同时，文章还展示了如何筛选VCF文件并生成新的VCF，特别提醒在使用后要确保文件关闭。此外，还提到了支持读取gz压缩的VCF文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

安装

pip install PyVCF

使用

#如果有多个样本，可以这样访问最后两列信息，例如双样本，0为normal，1为tumor

record.samples[0]

对vcf进行筛选，并重新生成vcf

切记用完一定要close()

import vcf

filaname1='xxx.vcf'
filename2='xxx.vcf'
tumor_idx=1
vcf_reader = vcf.Reader(open(filename1, 'r'))
vcf_writer = vcf.Writer(open(filename2,'w'),vcf_reader)
for record in vcf_reader:
    if len(record.FILTER) == 0: #pass
        af = record.samples[tumor_idx]['AF']
        if af >= 0.01:
            vcf_writer.write_record(record)
vcf_writer.close()

也可以读取vcf.gz

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