monai保存nii图像及其注意事项详解

monaI中保存图像主要使用的是 monai.transforms.SaveImage 或 monai.transforms.SaveImaged 接口。

基本用法

import monai.transforms as mt
save_image = mt.SaveImage()

# 假设image是已读取到的 monai.data.MetaTensor
save_image(image)

几个比较容易疑惑的点

1. 裁剪了图像，为什么保存的图像大小仍然没变？
   这是由于没有指定是 resample 参数为 False 造成的

   image_cropped = crop(image)
   
   # 此时保存的图像就是裁剪的了
   save_image = mt.SaveImage(resample=False)
   save_image(image_cropped)
   

2. 怎么才能输出到指定文件夹里面？
   指定 output_dir 参数

   # 此时图像文件将被保存到output_dir中，文件名称默认为：原文件名称_trans.nii.gz
   save_image = mt.SaveImage(output_dir='output')
   save_image(image)
   

3. 保存的图像老是会保存到新创建的文件夹中怎么办？
   指定 separate_folder=False 即可

   save_image = mt.SaveImage(separate_folder=False)
   save_image(image)
   

4. 怎么指定文件名后缀？
   指定 output_postfix=name 即可

   # 不指定后缀
   save_image = mt.SaveImage(output_postfix='')
   save_image(image)
   

5. 我有一堆图像，我想分别把他们裁剪过后的图像保存到不同的文件夹下怎么办？
   使用偏函数

   from functools import partial
   import monai.transforms as mt
   saver = partial(
   	mt.SaveImage,
   	resample=False,
   	separate_folder=False
   )
   for image in 这堆图像:
   	saver(output_dir=path)(image)