学习汇报-2018.07.18

1 当在GROMACS中体系太大，而使用隐式水时，按照以下步骤：

1. Pdb2gmx时，不输入-water，然后在选水时，选择7，none
2. 加入盒子，使用gmx  editconf，正常加盒子就行
3. 加入离子，加离子的方法：1) 自己做一个离子的gro文件，例如这样子的(命名为NA.gro)：

2) 使用gmx insert-molecules插入离子

gmx insert-molecules  -f newbox.gro –ci NA.gro –nmol 6 –o ions.gro

-f 表示要插入离子的gro文件，-ci表示离子的gro文件，-nmol表示要插入离子的个数

3) ions.gro文件第一行的原子的个数会自动更新，并且添加的离子自动加在了gro文件的后面，需要改的是top文件的[ molecules ]部分，否则grompp时会报错。