amber教程C2

含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。

将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。

前三步均对DNA进行了限制。

这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。

需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。

1、测量RMSD并将其保存到名为all的数据集中，使用第一帧作为参考。计算残基1-24的所有非氢原子的RMSD：

     >rmsd all first :1-24&!@H= out rmsd-all.agr mass

2、测量残基2-10，15-22的所有非氢原子的rmsd。

      >rmsd notail first :3-10,15-22&!@H= out rmsd-all.agr mass

接下来，xmgrace rmsd-all.agr

3、pucker计算：可以检查构象改变。

计算残基5、6、7、8的C1'到O4‘的旋转。’（伪褶皱旋转，角度调整为360度，而不是-180度到180度）

>pucker pucker5: :5@C1' :5@C2' :5@C3' :5@C4' :5@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360

>pucker pucker6: :6@C1' :6@C2' :6@C3' :6@C4' :6@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360

>pucker pucker7: :7@C1' :7@C2' :7@C3' :7@C4' :7@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360

>pucker pucker8: :8@C1' :8@C2' :8@C3' :8@C4' :8@C6' out pucker.agr type pucker ranger 360<