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amber官网教程C0。
大概内容:如何载入拓扑和轨迹文件,以及查看。如何计算轨迹中,某两个特定残基质心之间的距离。
详细信息:
这个教程里的结构有13个残基,1201帧。
(1)载入拓扑文件:>parm trizip2.ff10.mbond.parm7
(2)可以查看以下拓扑文件的具体信息:>list parm
此时就会显示有多少个残基,多少个原子,以及盒子信息,有多少个分子。
获得拓扑更加详细的信息:>parminfo 0
后边的数字表示拓扑索引,从0开始
(3)载入轨迹文件:>trajin trizip2.gb.nc
这个命令并不直接读取轨迹,而是将轨迹放在输入轨迹列表中,以便稍后处理。
(4)可以查看下轨迹的具体信息:>list trajin
会显示这是什么格式的轨迹,以及这个轨迹有多少帧。
(5)查看又有多少个残基,每个残基有多少个原子,原子分别是从几号到几号:>resinfo
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