知识图谱实战应用15-知识图谱在生物基因学上的应用,实现基因与疾病关联查询

大家好,我是微学AI,今天给大家介绍一下知识图谱实战应用15-知识图谱在生物基因学上的应用,实现基因与疾病关联查询。知识图谱在生物基因学中的应用非常广泛,可以帮助研究人员更好地理解和发现基因与疾病之间的关联关系,并推进相关领域的发展。

目录

  1. 引言
  2. 知识图谱简介
  3. 生物学领域数据样例
  4. 实现方法
  5. 代码实现
  6. 结论

1. 引言

随着生物学领域数据的快速增长,如何有效地组织和管理这些数据成为了一个重要的问题。知识图谱作为一种新型的数据组织方式,可以帮助我们更好地理解和挖掘这些数据。本文将介绍如何使用Py2neo库构建一个基于知识图谱的生物学领域应用,并给出实现代码和数据样例。
在这里插入图片描述

2. 知识图谱简介

知识图谱是一种用于表示实体及其关系的图结构,它可以帮助我们更好地组织和理解数据。在生物学领域,知识图谱可以用于表示基因、蛋白质、疾病等实体以及它们之间的关系。

3. 生物学领域数据样例

我们将使用以下CSV格式的中文数据样例:

基因,功能,疾病
BRCA1,抑癌基因,乳腺癌
BRCA2,抑癌基因,卵巢癌
TP53,抑癌基因,肺癌
APC,抑癌基因,结肠癌
MLH1,DNA修复基因,结直肠癌
MSH2,基因修复蛋白,结肠癌
EGFR,酪氨酸激酶受体,肺癌
ALK,酪氨酸激酶受体,肺癌
KIT,酪氨酸激酶受体,胃肠道间质瘤
BRAF,酪氨酸激酶受体,黑色素瘤
RET,酪氨酸激酶受体,甲状腺癌
CDKN2A,细胞周期调控,黑色素
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转自CCF:https://dl.ccf.org.cn/lecture/lectureDetail?id=4663480272078848。 张勇,剑桥大学博士后。 摘要:健康医疗大数据是健康医疗活动的产物,同时也是进行健康医疗业务优化和辅助决策的基础。健康医疗大数据分散在多个主体管理的多个系统中,所以在应用健康医疗大数据的时候往往需要先进行数据釉合。然而由于生成数据的系统所采用的标准或规范不同,不同来源的数据之间经常存在数据不一致的情况,同时由于应用水平等问题,数据的质量也存在较大问题。数据不一 致和数据质量等问题大大阻碍了数据融合的效率和效果。知识图谱作为作为一种灵活的数据模型,通过一张图来集成所有相关的数据,同时利用对齐等技术来解决数据中存在的问题。本报告将从健康医疗大数据融合的数据模型、过程、工具和应用的角度来介绍如何应用知识图谱来进行健康医疗大数据融合。我们把健康医疗知识图谱分为概念图谱和实例图谱,定义了各 自的数据模型,然后分别介绍了各自的建立过程,以及两者之间如何建立关联。我们提出了“ 医在回路 ”的概念,对医生在构建健康领域知识图谱中的角色和职责进行了定义。基于这些数据模型,我们研发了健康知识图谱构建工具 HKGB 。该工具是一个易于扩展的、跨语言的、智能的知识图谱构建平台。基于该平台,我们构建了面向心血管疾病知识图谱。最后本报告介绍了健康医疗知识图谱应用情况。

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