nextflow nf-core download ena/ncbi fastq data

最新推荐文章于 2024-09-15 08:56:09 发布
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分类专栏： 小tips 文章标签： ena ncbi
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使用这个软件可以很快的获取到下载失败的samples

wget -qO- https://get.nextflow.io | bash
chmod +x nextflow

测试下载是否成功

sudo nextflow run nf-core/fetchngs -profile test,docker

然后就可以下载自己想下载的数据了。注意如果是下载的是err，会自动转化成ERX的名字。

 nextflow run nf-core/fetchngs ⁠-⁠-⁠input ids.txt -profile <docker/singularity/podman/shifter/charliecloud/conda/institute>

 这里profile可以选括号里的任何一个。

参考：

fetchngs » nf-core

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