deeparg 安装

 

真是一波三折，经过多次发邮件沟通，这个软件的安装终于可以流畅的进行下去了 

需要注意的是软件用的2.7的版本，所以一个单独的python环境是需要的，可以用docker virtualenv conda 

这里是安装conda的环境

Install using conda environment

Create a virtual environment with conda: 新建conda环境

conda create -n deeparg_env python=2.7.18
source activate deeparg_env

Install diamond with conda (inside virtual environment):安装diamond 比对用

conda install -c bioconda diamond==0.9.24

Install deeparg with pip and download the data required by deeparg 安装1.0.1版本的deeparg 并下载响应数据

pip install deeparg==1.0.1
deeparg download_data -o /path/to/local/directory/

Activate virtual environment 激活conda环境

conda activate deeparg_env

Deactivate the virtual environment: 退出conda环境

conda deactivate

备注：这个/path/to/local/directory/ 自己定义就可以，只要跑测试数据的时候在-d参数给到，方便软件找模型就可以了。

比如 deeparg download_data -o ~/Documents/ 

deeparg predict     --model LS   -i ORFs.fa  -o testtest  -d ~/Documents/  --type nucl --min-prob 0.8 --arg-alignment-identity 30  --arg-alignment-evalue 1e-10  --arg-num-alignments-per-entry 100 
 

 

docker 安装版本 

首先克隆下这个地址 

 git clone https://lu123@bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-ss.git

进入这个目录 

然后built这个docker镜像，deeparg是名字 1.0.1是tag  .代表在当前路径寻找docker文件 

cd deeparg-ss/
docker build -t deeparg:1.0.1 . 

docker查看安装的镜像

docker images 

此时就可以看到我们的deeparg镜像已经安装好了

进入这个镜像

docker run -it deeparg:1.0.1 /bin/bash

 

 

Ref:

https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-ss/src/master/

https://zhuanlan.zhihu.com/p/23599229 这个docker的简介 写的非常清楚简单