Multifaceted Spatial and Functional Zonation of Cardiac Cells in Adult Human Heart论文笔记

  心脏是一个结构良好的器官，对跨越人类心脏结构的细胞特征的研究还处于早期阶段。我们的研究小组和其他研究人员之前已经揭示了在疾病和发育情况下的心脏细胞重塑。此外，有2项研究报道了6个心脏区域的细胞转录，以前所未有的深度进行了概述。心房和心室心肌细胞之间的明显异质性与预期一致，而心房或心室内的空间异质性没有得到很好的阐述。鉴于心肌疾病优先影响特定区域的心脏，如不压实引起的脑小梁发育不良和心房颤动来自左心房，我们的目标是解剖心脏细胞的异质性在更详细的和多面的空间维度，包括以前未报道的心室壁的跨壁轴。
  供体心脏是从最初考虑和处理的心脏移植，但由于心脏大小或血型不匹配而被放弃的。供体心脏在体内显示功能正常，并灌注心脏停搏液，然后在4小时内冷藏转移到实验室。在本研究中，我们进行了单核RNA测序，从12个心脏部位获得了160775个细胞核(图[A])。所有主要的心脏细胞类型都具有强大的分子特征(图[B])。我们在基于层次图的聚类算法的基础上开发了一个空间异质性指数，以量化3个分析水平上细胞的异质性(图[C])。


心肌细胞不仅在1级和2级表现出显著的异质性，而且在左心室的跨壁维度（3级）也表现出显著的异质性，而壁细胞和免疫细胞的空间差异很小。心肌细胞的亚聚类发现了集群和解剖室之间的高度一致性，解释了在1级和2级的高空间异质性指数(图[Di])。当在1个参考心脏上训练一个分类器来预测另一个参考心脏的细胞位置时，以0.86的高准确率证实了腔室特异性的个体间一致性(图[Dii])。除了以往的研究之外，心房心肌细胞被鉴定为2个不同的簇，分别由左心房和右心房为主。左心房心肌细胞在心脏收缩时功能富集，而右心房在心律时功能富集。免疫组化证实了左心房和右心房之间有不同的基因表达(MYOT，FHL2)，以及房间隔中的分层模式(图[Ei])。为了阐明第3级左心室心肌细胞的高空间异质性指数，我们使用扩散图建立了一个轨迹，并展示了沿着小梁到心外膜轴的分区模式(图[Fi])，这在个体之间是保守的(图Fii)。在透壁轴上，17089个基因中有7168个展示了动态变化，其中，最明显的1000个基因可以被聚类为8个拥有不同生物功能的表达模块（图[Gi、Gii、Eii和Eiii]）。模块2的肌原纤维富集基因呈线性下降趋势。模块4和模块5表现出逐渐增加的模式，并在昼夜节律和脂肪酸使用途径(即CPT1A、CD36、ACOX1)中富集(图[Giii])。
  我们进一步对2例左心室不致密的病变心脏进行了研究，并分别对左心室的骨小梁层和致密层进行了单核RNA测序(图[H])。与正常心脏相比，左心室致密层富集心肌细胞发育途径(即HEY2，致密成分的标记)，而小梁层富含肌原纤维(包括左心室致密致病基因MYH7和TNNT2)和RNA剪接过程(即RBM20，一种新型左心室致密致病基因通过调节肌原纤维的剪接)。有趣的是，178个富集基因中有150个（84%）在正常心脏中被带区，这表明被带区基因在维持心脏结构和功能方面是必不可少的(图[I])。
  使用扩散图对血管内皮细胞进行轨迹对齐（图[Ji和K]）。标记物和富集通路的连续表达证实了沿着该轨迹的动脉-毛细血管-毛细血管分带(图[Jii和Jiii])。发现了与血管功能相对应的新的血管系统基因(图[Jii和N])。有趣的是，血管内皮细胞沿着血管轴表达不同的钾通道(即KCNN3、KCNIP4和KCNB1)(图[Jii和N])。平滑肌细胞和周细胞，即血管周围壁细胞类型，也分别沿血管分区，并在头对头方向的静脉部位重叠(图[K，Li和Lii])。值得注意的是，我们发现了一组由内皮细胞和周细胞共享的共联区基因，证实了它们在维持血管功能方面的协同功能(图[M和N])。
  我们建立了一个交互式数据库(http://xglab.tech/hahca)来可视化细胞基因的表达和分区。在分析中使用的数据和方法可用于任何研究人员，以重现结果或复制程序。
  总之，我们的高分辨率细胞景观为理解成人心脏提供了一个基本的参考。我们的结果确定的空间和功能分区心肌细胞和血管细胞，应该被广泛认可的心血管研究，因为这些深刻的发现将为深入研究铺平道路的心肌疾病如心房心肌病和压实，以及心肌损伤过程中血管生成和炎症浸润的调节作用。