Cytoscape软件的插件和扩展功能有哪些？

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Cytoscape是一个功能强大的网络可视化和分析软件，它提供了许多插件和扩展功能，用于增强其功能和适应不同的研究需求。以下是一些常用的Cytoscape插件和扩展功能：

cytoHubba插件：cytoHubba是一个用于识别关键基因和子网络的插件。它基于拓扑网络算法，可以根据节点在网络中的属性进行排名，并提供多种拓扑分析方法，如Degree、Betweenness、Closeness等[1]。

BiNGO插件：BiNGO是一个用于基因本体分析的插件。它可以将基因列表与基因本体数据库进行比较，帮助用户了解基因在功能和过程上的富集情况，从而揭示基因的生物学意义[1]。

clusterMaker2插件：clusterMaker2是一个用于聚类和可视化分析的插件。它提供了多种聚类算法和可视化布局算法，可以帮助用户发现网络中的模块和群集结构[1]。

MCODE插件：MCODE是一个用于模块发现的插件。它可以识别网络中的高度相互关联的节点群集，并根据节点的连接密度和节点数目进行评分，从而帮助用户发现功能相关的模块[1]。

iRegulon插件：iRegulon是一个用于转录因子调控网络分析的插件。它可以根据转录因子结合位点的富集情况和转录因子的调控模式，预测转录因子在给定基因集中的调控活性，并生成转录因子调控网络图[1]。

KEGGscape插件：KEGGscape是一个用于KEGG通路分析的插件。它可以将基因列表映射到KEGG通路，并提供丰富的可视化功能，帮助用户理解基因在通路中的功能和相互作用[1]。

StringApp插件：StringApp是一个用于蛋白质相互作用网络分析的插件。它可以将基因列表映射到STRING数据库中的蛋白质相互作用网络，并提供丰富的网络分析和可视化功能[1]。

这些插件和扩展功能可以根据用户的需求进行安装和使用，扩展了Cytoscape的功能，帮助用户进行更深入的网络分析和可视化。