分子动力学笔记

自牛顿提出牛顿三定律到量子力学被提出之前，分子运动都是由经典的牛顿力学描述。牛顿力学中，应用最广泛的是牛顿第二定律：
$$F=m\ast a$$ $(1)$
在分子动力学中，力$F$由分子间的相互作用势能$U$对小球的位置$x$求导得到，即
$$F=\frac{dU(x)}{dx}$$ $(2)$
$(1)$式中的加速度$a$则可以通过分子的位置$x$对时间的二次导得到
$$a=\frac{d^{2}x}{d{t}^2}$$$(3)$
而在实际的计算机模拟中，我们只能通过数值模拟的方式，对导数进行求解。即速度$v$可以表示成$\Delta x$比上$\Delta t$:
$$\bar{v}=\frac{\Delta x}{\Delta t}$$ $(4)$
我们只有知道$t$时刻分子的位置以及$t+\Delta t$时刻分子的位置，才能知道分子在$[t,t+\Delta t]$这段时间的平均速度，当$t$足够小时，这种平均速度即等价于瞬时速度。在欧拉积分中，我们将这种平均速度视作分子在时刻t的瞬时速度，即可以将$(4)$式改写为：
$$x(t+\Delta t)=x(t)+v(t)\ast \Delta t$$ $(5)$
对于加速度$a$，由于我们已经将分子间的相互作用势能写作了$x$的函数形式，则为
$$a=\frac{F}{m}=\frac{dU(x)}{dx}$$ $(6)$
因此只要知道$t$时刻分子的受力$F$，我们就可以通过力$F$得到$t+\Delta t$时刻的速度$v(t+\Delta t)$：
$$v(t+\Delta t)=v(t)+\frac{F}{m}\ast \Delta t$$ $(7)$

在计算机中，通过迭代$(5)$式和$(7)$式就能简单地模拟出分子的运动。
我们可以用C++代码接口简单地模拟出分子运动`：

void Move::Euler_integration(particle* s, const int& N, const double& dt)
{
	for (int i = 0; i < N; ++i) {
		vecScaleAdd(s[i].x, s[i].x, dt, s[i].v);
		vecScaleAdd(s[i].v, s[i].v, dt, s[i].f);
	}
}`