扩增子分析流程——Lotus2: 一行命令完成所有分析

为什么介绍lotus2

1. 因为快，作者比较了lotus2流程和qiime2、dada2、vsearch等，lotus2的速度最快、占用内存最小。
   
2. 因为方便，只需要一行代码，即可完成全部分析。

lotus2 -i Example/ -m Example/miSeqMap.sm.txt -o myTestRun

3. 而且分类注释更加准确。
   

综合以上优点，lotus2完全值得尝试，接下来进入实战部分。

Lotus2的安装

推荐conda安装

conda install -c bioconda lotus2

如果失败了，可以尝试：

conda create -c conda-forge -c bioconda --strict-channel-priority -n lotus2 lotus2

安装成功后激活环境：

conda activate lotus2

细菌16s扩增子分析运行命令

lotus2 -i Example/ \ #序列所在位置的文件夹
	   -m Example/miSeqMap.sm.txt \ #map文件，示意文件参考后续内容
	   -o myTestRun2 \ # 输出文件夹，OTU table、tree、运行日志等都会放在这个文件夹中
	   -s configs/sdm_miSeq2.txt \ #配置文件，这个是作者提供的，设定了运行命令所需的参数
	   -p miSeq \ #测序平台，比如我的真菌ITS测序用的是PacBio就填写PacBio即可
	   -amplicon_type SSU \ #真菌ITS测序则填写ITS
	   -forwardPrimer GTGYCAGCMGCCGCGGTAA \
	   -reversePrimer GGACTACNVGGGTWTCTAAT \
	   -CL dada2 \ #聚类的方法
	   -refDB SLV \ #注释用的数据库
	   -taxAligner lambda \ #注释的方法
	   -t 14 #使用的线程数

map文件的示意，注意测序文件和map文件的所在目录。假如我们所在的工作目录为WD，序列位置为：WD/Example/seq.fastq.gz。

#SampleID	fastqFile	SequencingRun
ANG1	PID-0292-1_S1_L001_R1_001.fastq.sm.gz,PID-0292-1_S1_L001_R2_001.fastq.sm.gz	C
ANG2	PID-0292-1_S2_L001_R1_001.fastq.sm.gz,PID-0292-1_S2_L001_R2_001.fastq.sm.gz	C

这里C的含义不是很清楚，有了解的小伙伴可以留言一下。

真菌ITS扩增子分析运行命令：

lotus2 -i YOURPATH \
	   -p PacBio \
	   -id 0.97 \
	   -CL cdhit \
	   -s configs/sdm_PacBio_ITS.txt \
	   -refDB UNITE  \
	   -m ./map.txt \
	   -o ./LotuS2 \
	   -forwardPrimer GTACACACCGCCCGTCG \
	   -reversePrimer CGCCTSCSCTTANTDATATGC \
	   -t 14 \
	   -amplicon_type ITS \
	   -taxAligner vsearch \
	   -buildPhylo 0 \ #一般认为ITS构建的遗传发育树不靠谱，可以不用构建。
	   #Recommendation from author: 
	   #We recommend the cautious usage of the 
	   #phylogenetic tree for ITS because high 
	   #variation of ITS sequences may lead to erroneous trees.