关于WSI切片处理问题——生成不包括肿瘤区域的掩码

背景

本文参照github上面的文档，对WSI进行处理，目的在根据WSI原图和对应的标注文件提取小块的补丁（patch），作为训练集和测试集。
需要对如何打开和处理WSI切片有一定的了解，如不了解，可以先去了解一下Openslide和ASAP，这些网上资料都较多，可以自行查阅。

问题

根据文档中的代码，在生成不包括癌变区域的掩码（mask）时，会遇到无法从组织区域掩码中减去癌变区域的情况，下面是原github文档中的代码：

def generator_non_tumor_mask_level(tumor_mask_level, tussion_mask_level):  
	# 现将tumor_mask_level变成灰度图  
	tumor_mask_grayscale = cv2.cvtColor(tumor_mask_level, cv2.COLOR_BGR2GRAY)  
	# 非运算  
	tumor_mask_grayscale_inv = cv2.bitwise_not(tumor_mask_grayscale)  
	# 为了位运算，将两个掩码尺寸同一  
	tumor_mask_grayscale_inv_resized = cv2.resize(tumor_mask_grayscale_inv, (tussion_mask_level.shape[1], tussion_mask_level.shape[0])) 
	# 交运算   
	tumor_wsi_excluding_tumor_area = cv2.bitwise_and(tumor_mask_grayscale_inv_resized, tussion_mask_level)  
	
	tumor_wsi_excluding_tumor_area_mask = cv2.cvtColor(tumor_wsi_excluding_tumor_area, cv2.COLOR_BGR2GRAY)  
	
	return tumor_wsi_excluding_tumor_area

输入这个函数中的tussion_mask_level是已经处理得到的组织区域的灰度图（背景区域像素值为0，组织区域像素值为1，像素值范围是0-255，这里是关键，之后会说明），而tumor_mask_level经过代码中第一句的转化也是同样形式的灰度图。
这个函数的思路就将组织区域的mask减去癌变区域的mask就可以得到不含癌变区域的正常组织，这个思路是没错的，但是出来的结果缺不是我们想要的。
以下三张图，从上到下分别是组织区域的mask，癌变区域的mask，和利用上面代码生成的不包含癌变区域的正常组织mask，可以看到，组织区域的mask和生成的不包含癌变区域的正常组织mask并没有什么区别。

之所以会出现这样的情况，和前面提到的 “ 背景区域像素值为0，组织（或癌变）区域像素值为1，像素值范围是0-255 ” 有关系，因为图像的相减并不是直接的相减，而是要被其中一个图像取反之后相加（或者位图像相与）来完成。（至于为什么生成的mask组织区域的像素值为1，可能与通过openslide打开与保存这些mask有关，我是通过将读取之后的mask保存在csv文件中才知道组织区域的像素值是1的）
所以在原代码中，通过对tumor_mask_grayscale进行取反操作，得到的mask的背景区域像素值变为255，癌变区域像素值变为254，再与组织区域的mask进行位的与操作，自然不能得到去除了癌变区域的组织区域。
既然知道了问题所在，那么我们就可以在取反操作之前将癌变区域的像素值映射为1，可以通过opencv中的convertScaleAbs（）函数实现。

convertScaleAbs（）函数

convertScaleAbs（）函数有3个主要参数：src，alpha，beta
设返回值为Result，那么简单的说就是

$$Result=src\ast alpha+beta$$
所以我们只需要将alpha设为255，即可实现映射。

修改后的代码

def generator_non_tumor_mask_level(tumor_mask_level, tussion_mask_level):   #tumor_mask_level应该是BGR格式的
    # 现将tumor_mask_level变成灰度图
    tumor_mask_grayscale = cv2.cvtColor(tumor_mask_level, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
    # tumor_mask_level转化为GRAY之后，数据类型是uint8，但是labeled区域值为1,取非之后为254，并不能在之后的and操作中起到作用
    tumor_mask_grayscale = cv2.convertScaleAbs(tumor_mask_grayscale, alpha=255) #a*src+b
    # 非运算
    tumor_mask_grayscale_inv = cv2.bitwise_not(tumor_mask_grayscale)
    # 为了位运算，将两个掩码尺寸同一
    tumor_mask_grayscale_inv_resized = cv2.resize(tumor_mask_grayscale_inv,
                                                  (tussion_mask_level.shape[1], tussion_mask_level.shape[0]))

    tumor_wsi_excluding_tumor_area = cv2.bitwise_and(tussion_mask_level,tumor_mask_grayscale_inv_resized) #tussion_mask_level

    tumor_wsi_excluding_tumor_area_mask = cv2.cvtColor(tumor_wsi_excluding_tumor_area, cv2.COLOR_GRAY2BGR)

    return tumor_wsi_excluding_tumor_area_mask

最后的结果