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trimmomatic
Decen Wang
从生化专业一不小心转到生信行业,走上了不归路,正在学编程,一起努力学习吧。人生格言:知识就应该是免费的,其他的都是屁话,知识的目的就是消除懒人的经济和经济学,不再有懒惰的贫困!
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trimmomatic: TruSeq3-PE.fa (No such file or directory) 的问题解决方案(前提是你的是paired end测序,不是single end)
之前一直在看序列软件的信息,没有进一步实战操作,昨天试了一把,碰到问题了,去掉序列的adapter/adaptor,主流软件是trimmomatic(最新版是0.38,我用conda安装很便利),还有人在用cutadpt去掉adapter。我碰到这个软件问题时就给trimmomatic在github的维护人员发帖子,秒回,说让我询问作者,他之前在负责,后面的代码改了,所以问题不清楚。我的问题如下...原创 2019-01-16 19:39:10 · 7211 阅读 · 8 评论 -
trimmomatic竟然“无法解析”出gz压缩文本了,你遇到这个问题了吗?老老实实换回fastq-dump吧
下载了一个TCR beta的序列,用fasterq-dump转换序列,这个比fastq-dump 稍微快一些,不过没有了压缩功能,所以为了占用少的硬盘空间,在解析后需要自己压缩成gz或bz2。但是神奇一幕发生了,我手动压缩成.gz格式后,用trimmomatic进行去接头,但是死活就是运行不下去,并出现如下报错:trimmomatic PE -threads 2 -phred33 SRR44...原创 2019-03-19 00:38:42 · 2230 阅读 · 0 评论