trimmomatic： TruSeq3-PE.fa (No such file or directory) 的问题解决方案（前提是你的是paired end测序，不是single end）

之前一直在看序列软件的信息，没有进一步实战操作，昨天试了一把，碰到问题了，去掉序列的adapter/adaptor,主流软件是trimmomatic（最新版是0.38，我用conda 安装很便利），还有人在用cutadpt去掉adapter。我碰到这个软件问题时就给trimmomatic在github的维护人员发帖子，秒回，说让我询问作者，他之前在负责，后面的代码改了，所以问题不清楚。我的问题如下：提示我找不到TruSeq3-PE.fa (No such file or directory)，也就是说指定的adapter原文件，因为要根据这个指定的文件去掉你序列中的接头。下面所谓的java问题可能都是因此带来的，解决了这个，后面的都没有了。我自己解决了问题，然后我在biostars上发帖后也有人秒回我。解决方法是：1要么在"ILLUMINACLIP:" 参数后添加序列接头的绝对路径如果你是用conda装的trimmomatic那么路径应该是“/home/用户名（你自己的）/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa”。所以应该是：ILLUMINACLIP:/home/用户名（你自己的）/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa2:30:10。2. 要么把TruSeq3-PE.fa这个文件找到，拷贝到你所要处理的序列文件夹中，但是记得这个要求你在运行时要逐层打开文件夹知道出现你的序列文件。命令 cd 文件夹，逐层打开，找到你的序列。如果你在用户的家目录下操作，估计你要添加的那两个输入文件也需要用绝对路径指定，不然trimmomatic找不到序列文件。

trimmomatic PE -phred33 SRR4449813_1_1.fastq SRR4449813_1_2.fastq paired_1_R1_paired.fq.gz unpaired_1_R1_unpaired.fq.gz paired_1_R2_paired.fq.gz unpaired_1_R2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:3

**TrimmomaticPE: Started with arguments:
 -phred33 SRR4449813_1_1.fastq SRR4449813_1_2.fastq paired_1_R1_paired.fq.gz unpaired_1_R1_unpaired.fq.gz paired_1_R2_paired.fq.gz unpaired_1_R2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:3
Multiple cores found: Using 4 threads
java.io.FileNotFoundException: /home/decen/下载/srr/TruSeq3-PE.fa (No such file or directory)
    at java.io.FileInputStream.open0(Native Method)
    at java.io.FileInputStream.open(FileInputStream.java:195)
    at java.io.FileInputStream.<init>(FileInputStream.java:138)
    at org.usadellab.trimmomatic.fasta.FastaParser.parse(FastaParser.java:54)
    at org.usadellab.trimmomatic.trim.IlluminaClippingTrimmer.loadSequences(IlluminaClippingTrimmer.java:110)
    at org.usadellab.trimmomatic.trim.IlluminaClippingTrimmer.makeIlluminaClippingTrimmer(IlluminaClippingTrimmer.java:71)
    at org.usadellab.trimmomatic.trim.TrimmerFactory.makeTrimmer(TrimmerFactory.java:32)
    at org.usadellab.trimmomatic.Trimmomatic.createTrimmers(Trimmomatic.java:59)
    at org.usadellab.trimmomatic.TrimmomaticPE.run(TrimmomaticPE.java:552)
    at org.usadellab.trimmomatic.Trimmomatic.main(Trimmomatic.java:80)
Input Read Pairs: 3438238 Both Surviving: 3397549 (98.82%) Forward Only Surviving: 37731 (1.10%) Reverse Only Surviving: 2828 (0.08%) Dropped: 130 (0.00%)
TrimmomaticPE: Completed successfully**