Rfam数据库简介

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Rfam是一个RNA分类信息的数据库，根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理，网址如下

http://rfam.xfam.org/

最新版本为14.0, 在Rfam数据库中，包括以下3大功能类型的分子

1. ncRNA genes

2. cis-regulatory elements

3. self-splicing RNAs

进一步对其进行更为细致的划分，详细列表如下所示

在对这些数据进行分类时，提供了两个层次的分类，family和clan。对于family而言，其成员是上述各种类型的RNA;对于clan而言，其成员是各个family。

通过官网的Browser功能，可以方便的浏览数据库中的内容

1. clan

每个clan采用CL开头的编号唯一识别，示意如下

以上图中的CL00051为例，包含了11个family, 详细信息如下

2. family

每个family采用RF开头的编号唯一识别，示意如下

以上图中的RF00005为例，该家族的名字为tRNA, 对应类型为Gene; tRNA, 该家族包含来自9934个物种的RNA分子，其中有三维结构信息的有536个。

对于多序列比对的信息，同时提供了seed和full两种，其中seed是手工整理的已知的该家族成员的多序列比对结果，而full是该家族所有成员序列的多序列比对结果。

3. genome

示意如下

以human为例，可以看到对应的序列数和family个数

4.  sequence

每条序列以CM开头的编号唯一识别，示意如下

CM000683.2对应的序列详情如下

通过FTP功能，可以下载该数据库中的内容，FTP链接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam

数据库中不仅提供了fasta格式的序列信息，也提供了CM模型，通过infernal软件可以利用这些模型对RNA序列进行判断，从而分析RNA序列对应的family信息。

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